甲科技有限公司成立于2006年8月，注冊資本100萬元，由自然人A、B共同出資，持股比例為60%、40%。2013年12月，甲公司股東會通過決議，將A、B持有的股權全部轉讓給C自然人。三方協商，以2013年11月末，凈資產500萬元為基礎確定股權價格，其中實收資本100萬元、盈余公積40萬元、未分配利潤360萬元，最終成交價格為420萬元。當月辦理了股權和工商登記變更，并由C代扣代繳個人所得稅64萬元。2015年1月，按增資協議和公司章程規定，甲公司發生下列股權交易：
1.1月1日，D自然人向甲公司出資200萬元人民幣。其中50萬元增加D的實收資本，持股比例10%；150萬元增加資本公積。
2.1月20日，將資本公積150萬元轉增資本。其中C、D按持股比例增加實收資本135萬元、15萬元。
3.1月25日，將部分盈余公積50萬元、未分配利潤450萬元轉增資本，C、D分別增資450萬元、50萬元。
C、D股東如何計算個人所得稅，分析如下：第一項交易。按個人所得稅法規定，D股東投入資本金200萬元不需計算個人所得稅。
第二項交易。以資本溢價150萬元轉增資本是D投入的，按其持股比例計算的份額15萬元，D自然人不需計算個人所得稅。C用資本公積轉增資本應計算個人所得稅。《國家稅務總局關于發布股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）的公告》（國家稅務總局公告2014年第67號）規定，被投資企業以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增資本，個人股東已依法繳納個人所得稅，以轉增額和相關稅費之和確認其新增股本的股權原值。該文件明確，被投資單位用資本公積轉增自然人股東資本，應計算個人所得稅，否則在轉讓時，不能扣除資本公積轉增資本金額，還要補繳個人所得稅。
因此，C股東用資本溢價轉增資本，應繳個人所得稅＝135×20%＝27（萬元）。
第三項交易。按個人所得稅法規定，C、D自然人將盈余公積和未分配利潤轉增資本，應計算個人所得稅。對C自然人而言，應作具體分析。
《國家稅務總局關于個人投資者收購企業股權后將原盈余積累轉增股本個人所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第23號）規定，1名或多名投資者以股權收購方式取得被收購企業100%股權，股權收購前，被收購企業賬面金額中的“資本公積、盈余公積、未分配利潤”等盈余積累未轉增資本，而在股權交易時一并計入股權交易價格并履行所得稅納稅義務。股權收購后，企業將原賬面金額中的盈余積累向個人投資者（新股東）轉增股本，有關個人所得稅問題區分以下情形處理：
1.新股東以不低于凈資產價格收購股權的，企業原盈余積累已全部計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增資本的部分，不征收個人所得稅。
2.新股東以低于凈資產價格收購股權的，企業原盈余積累中，對于股權收購價格減去原股本的金額部分已經計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增資本的部分，不征收個人所得稅；對于股權收購價格低于原所有者權益的差額部分未計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增資本的部分，應按照“利息、股息、紅利所得”項目征收個人所得稅。
C股東從原A、B股東購入甲公司100%股權，以成交價格420萬元扣減實收資本100萬元的差額為320萬元，即是盈余積累部分，已計入原交易價格，此次轉增資本不用繳納個人所得稅。但按2013年11月末凈資產計算的股權轉讓價格應為500萬元，少確認股權交易價格80萬元（500－420），即為盈余積累部分，未繳個人所得稅。因此，C股東用這部分盈余積累轉增資本時，應一并計算個人所得稅＝（450－320）×20%＝26（萬元）。
D股東用盈余公積和未分配利潤轉增資本，應繳個人所得稅＝50×20%＝10（萬元）。
綜上所述，自然人股東C在2015年1月發生股權變動時機，應繳個人所得稅＝27＋26＝53（萬元）。自然人股東D應繳個人所得稅10萬元。
