發票取得時間性風險
增值稅一般計稅方式除了計算銷項稅額外，還要“做減法”，減去當期取得符合規定的各類進項稅額，可以說，進項憑證的取得時點能決定相應納稅期限內應納稅款的多少。
舉一個例子，原營業稅納稅人1月份發生的成本，即使其未在1月份取得發票，也不影響1月份營業稅應納稅額和企業所得稅應納稅額(按季申報)，對納稅人稅收活動產生的資金流沒有任何影響。營改增之后，從稅款資金占用的時間成本看，這筆成本(假設與生產經營活動相關、可以抵扣)對應增值稅專用發票越早取得，就能盡早認證并減少當期應納稅額。所以，增值稅一般納稅人財務人員往往都有月末催票認證的習慣，營改增需較快適應該進項發票管理模式。
發票審核政策性風險
政策性審核是營改增后原營業稅納稅人新增的一項發票管理事項，因為不是所有的增值稅進項發票都可以認證抵扣，《財政部國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號)規定，用于免征增值稅項目、簡易征收項目、集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務，以及非正常損失的購進貨物或者應稅勞務等多種情況，其進項都是不能抵扣的。
此外，政策性審核還需要重視進項稅額在一般計稅和簡易計稅項目之間的分配。例如，房地產開發企業和建筑業企業已經開展的老項目、建筑業企業跨縣(市)提供建筑服務以及清包工、甲供材等，納稅人可以自由選擇簡易計稅或一般計稅方法。許多房地產業和建筑業企業將存在簡易計稅和一般計稅并行的情況，加上該行業不同項目原材料基本一致，納稅人要規范原材料核算，強化稅收自律性，嚴格區分不同項目所耗用貨物和應稅服務。
稅務管理需從高要求
結合增值稅發票管理存在的風險，營改增一般納稅人要以更高要求開展稅務管理。具體來說，一是要積極索要發票，規范受票行為。二是要認真學習現有增值稅發票管理規定。增值稅發票的領用、保管、開具、認證、抵扣和存檔等，都已形成較為完整的管理體系，納稅人要加強學習，特別是認證抵扣環節的相關規定，直接涉及納稅人應繳稅款，例如增值稅專用發票的180天認證抵扣期限，營改增一般納稅人很容易忽略，從而造成不必要的損失。三是要及時了解增值稅發票新政策，當前增值稅發票政策更新較快，升級版和增值稅發票票面信息全采集已全面推行，發票無紙化、取消認證和統一商品編碼等新政即將全面推廣，在稅務機關完善增值稅管理體系，減輕納稅人負擔的同時，納稅人也需要主動適應增值稅的發票管理。
