一、政策緣起
關于土地增值稅清算稅金扣除問題，最早是在土地增值稅暫行條例實施細則中做了規定：
第七條條例第六條所列的計算增值額的扣除項目，具體為:
(五)與轉讓房地產有關的稅金，是指在轉讓房地產時繳納的營業稅、城市維護建設稅、印花稅。因轉讓房地產交納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。
看這一條的意思，轉讓房地產繳納的印花稅是可以作為稅金直接計算扣除的。
但《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》(財稅字[1995]48號)對房地產公司做了特別規定：
九、關于計算增值額時扣除已繳納印花稅的問題：細則中規定允許扣除的印花稅，是指在轉讓房地產時繳納的印花稅。房地產開發企業按照《施工、房地產開發企業財務制度》的有關規定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。其他的土地增值稅納稅義務人在計算土地增值稅時允許扣除在轉讓時繳納的印花稅。
48號文明確規定房地產公司轉讓商品房時，印花稅不得直接計算扣除，理由是已經列入了管理費用核算，在管理費用里扣過了，不能重復扣除。其他行業和其他類型房地產(如舊房)轉讓依然不受影響，在清算中可以直接扣除印花稅。
二、印花稅扣除再起波瀾
2016年，財政部發布《增值稅會計處理規定》(財會〔2016〕22號)，其中有一個變化引人注目：
全面試行營業稅改征增值稅后，“營業稅金及附加”科目名稱調整為“稅金及附加”科目，該科目核算企業經營活動發生的消費稅、城市維護建設稅、資源稅、教育費附加及房產稅、土地使用稅、車船使用稅、印花稅等相關稅費;利潤表中的“營業稅金及附加”項目調整為“稅金及附加”項目。
這也就意味著，房地產企業印花稅自此開始不再計入管理費用，而是直接計入“稅金及附加”科目核算，于是有人對于土增清算中的印花稅扣除也提出了新的看法，認為既然會計上已經做了改變，48號文中所說的所謂印花稅已在管理費用中扣除的理由就不再能夠站得住腳，那么印花稅應該就可以在清算中直接計算扣除。
三、我們的觀點
1、從邏輯上講，既然48號文所講的基礎已經不存在，那么印花稅的直接扣除從溯源上的確掃清了障礙;
2、但道理上講得通不代表實務中稅務機關一定能夠認可，因為財稅字[1995]48號文并未廢除，其中涉及到印花稅的扣除條款依然有效，因此實務中各地稅務機關基本上依然按照48號文在處理清算稅金扣除事項，也就是說只有營改增前的營業稅、城建、教育附加和地方教育附加幾項可以直接計算扣除，印花稅依然在實務中不能直接扣除;
3、這當然是一個不夠完善的地方，也只能期待總局盡快能夠出臺新的政策更迭48號文相關條款，雖然只是一個小小的印花稅，但對企業來講總是有利，而且對于稅法的嚴密性和邏輯性也有更好的幫助。
