某在華美國企業主要業務是從國外采購大型機器設備組件和配件，到中國后再進行進一步生產和組裝。國外供貨商需要對隨同貨物一同收取特許權使用費，分別簽訂兩份合同。企業的財務人員近日很苦惱——海關部門要求其將特許權使用費并入完稅價格，這樣就會征收增值稅。但在對外支付特許權使用費時，又要依據“營改增”政策的規定扣繳境外公司的增值稅。 在實務處理中還了解到，某企業在海關代征增值稅之后，去稅務機關辦理特許權使用費支付的《服務貿易、收益、經常轉移和部分資本項目對外支付稅務證明》（以下簡稱《稅務證明》）時，提交了已經繳納貿易項下增值稅的憑證，稅務機關并未強制要求再代扣代繳增值稅，只是辦理了代扣代繳的企業所得稅。 基于此，納稅人應如何正確地理解并適用稅收政策，避免多重征稅呢？ 《中華人民共和國海關關于進口貨物特許權使用費估價辦法》（海關總署令第102號）[失效]第三條規定，同時符合以下條件的特許權使用費應當計入進口貨物的完稅價格：一是與進口貨物有關；二是費用的支付作為賣方出口銷售該貨物到中華人民共和國海關境內的條件。從上述案例來看，A企業進口的是大型機器設備的組件和配件，兩者之間有著必然的關系，符合第一個條件。同時，A企業是在支付了特許權使用費后，境外的設備供應商才發貨的，符合第二個條件。因此，海關要求A企業將特許權使用費并入完稅價格并征收增值稅并沒有錯。
【相關法規：中華人民共和國海關審定進出口貨物完稅價格辦法（海關總署令第148號）】 同時，根據《國家外匯管理局、國家稅務總局關于服務貿易等項目對外支付提交稅務證明有關問題的通知》（匯發[2008]64號），境內機構和個人向境外單筆支付等值3萬美元以上（不含等值3萬美元）下列服務貿易、收益、經常轉移和資本項目外匯資金，應當按國家有關規定向主管稅務機關申請辦理《稅務證明》：境外機構或個人從境內獲得的服務貿易收入；境外個人在境內的工作報酬、境外機構或個人從境內獲得的股息、紅利、利潤、直接債務利息、擔保費等收益和經常轉移項目收入；境外機構或個人從境內獲得的融資租賃租金、不動產的轉讓收入、股權轉讓收益。而且該文件所指的服務貿易，包括運輸、旅游、通信、建筑安裝及勞務承包、保險服務、金融服務、計算機和信息服務、專有權利使用和特許、體育文化和娛樂服務、其他商業服務、政府服務等交易行為。 也就是說，在非貿易項下支付特許權使用費時，支付方需再次扣繳該特許權使用費的增值稅。根據企業所得稅法的規定，支付方還需要扣繳該特許權使用費的預提所得稅。而且3萬美元以上的付匯必須要向銀行及外管局提供相關費用的完稅證明方可支付。如果進口的貨物和特許權使用費是用于生產經營或銷售貨物，則繳納的增值稅可以作為進項稅額從銷項稅中抵扣，從增值稅上看并不會造成公司的稅負損失，只是現金流的提前流出。實際的損失是進口環節已經繳納關稅后，在付匯時又再度支付了的預提所得稅。進口和付匯的稅款征繳分別由海關和稅務機關管理，兩個機構都有征稅權，此種情況下雙重征稅就很難避免。 在未實行“營改增”之前，上述特許權使用費在實踐中就一直存在同時征收進口環節增值稅和付匯環節營業稅的問題。有人認為這種情況是屬于兩個稅收體系，很難解決。在“營改增”后，支付方企業（一般納稅人）應取得通用稅款繳款書依法抵扣相關增值稅。已經海關代征境內納稅人的增值稅，再支付特許權使用費時，不需要代扣代繳。 那么，作為企業，如何在“營改增”之后盡可能避免雙重納稅呢？就上述企業情形，該企業可以考慮按照《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實〈中共中央、國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定〉有關稅收問題的通知》（財稅字[1999]273號），適用增值稅稅收減免的優惠規定申請享受特許權使用費減免政策。如果不能減免，特許權使用費代扣代繳的增值稅與海關代征的增值稅，企業如果可以抵扣，則只是影響其資金時間成本，但通常不能減免對方企業所得稅的義務。企業所得稅暫不考慮對方抵免的情形，在單次交易中，表現為稅收成本的組成部分。當然，上述交易能否將特許權使用費并入貨物的進口價格統籌考慮，從而減少重復征稅也值得思考。
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