如案例，取得出讓的土地成本是3000萬元，該企業使用的是一般計稅方法，則在計算增值稅時，是可以抵減銷售額的，相當于抵減了增值稅3000/1.11*11%=297萬元，這也相當于是減少了開發成本的支出。那計算土地增值稅時，是不是可以仍按3000萬元計算扣除，還是以2703萬元作為支付的地價款呢？
如果以3000萬元，則其溢價率會低，而收入是不含稅收入，相當于營改增之后是得利的。如果以實際發生額的角度，以2703萬元作為地價款，計算溢價時是不利的，那到底以誰為準呢？
一是，土地增值稅有其計算規則，在扣除方面，考慮的邏輯是“挑三揀四”的情形，那與所謂的賬上的成本核算并不強制一樣。
二是，財稅[2016]43號文件規定，進項稅額允許從銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，這個是很明確，即如果有貨物采購、如果是建筑服務，取得的增值稅進項稅額抵扣的，則是不能再作為扣除項目的。
三是，出讓的土地價款抵減銷售額計算增值稅，是不是受限于財稅[2016]43號文件中的“進項稅額”認定呢？從處理上，相當于是作為減少土地成本處理，同時視為進項稅額記入“應交稅費-應交增值稅(銷項稅額抵減)”中，這跟文件中的進項處理是一樣的，但在定性上，是減少銷售額，在增值稅的申報中也是作為銷售額減少處理的，這才是核心，只是會計記錄上是作為獨立進項管理處理的，這樣是清晰的反映銷、進核算的。
從有利的角度來看，是抵減銷售額而不是作為增值稅的進項稅額抵扣，這一點似乎可以作為我們抵御財稅[2016]43號文件中只明確了抵扣進項稅額處理的情形，也似乎有“技巧”之嫌，當然從原則上來看，小編認為這確實是支出成本中的抵減增值稅結果，不宜簡單視為形式上的不同作為判斷結果。
四是，如果不是出讓的，而是從其他納稅人中購買的，則取得了增值稅專用發票時，那不明確的屬于了財稅[2016]43號文件規定的抵扣范圍，對應的抵扣增值稅是不能作為土地增值稅的扣除項目的。
建議我們的土地增值稅政策對此進一步明確，當然在明確之前，我們的納稅人似乎也是可以利用一下政策空間的。
(1)財稅[2016]36號文件規定：
房地產開發企業中的一般納稅人銷售其開發的房地產項目（選擇簡易計稅方法的房地產老項目除外），以取得的全部價款和價外費用，扣除受讓土地時向政府部門支付的土地價款后的余額為銷售額。
(2)《關于營改增后契稅、房產稅、土地增值稅、個人所得稅計稅依據問題的通知》(財稅(2016)43號)規定：
三、土地增值稅納稅人轉讓房地產取得的收入為不含增值稅收入。
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。
(3)《關于增值稅會計處理的規定》（征求意見稿）
（三）差額征稅的賬務處理。
1．企業發生相關成本費用允許扣減銷售額的賬務處理。按現行增值稅制度規定企業發生相關成本費用允許扣減銷售額的，應當按減少的銷項稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額抵減）”科目（小規模納稅人應借記“應交稅費——應交增值稅”科目），按應付或實際支付的金額與上述增值稅額的差額，借記“主營業務成本”等科目，按應付或實際支付的金額，貸記“應付賬款”、“應付票據”、“銀行存款”等科目。
