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《國家稅務總局關于國內旅客運輸服務進項稅抵扣等增值稅征管問題的公告》（國家稅務總局公告2019年第31號）規定，國內旅客運輸服務中的旅客，僅限于與本單位簽訂了勞動合同的員工，以及本單位作為用工單位接受的勞務派遣員工發生的國內旅客運輸服務。
實務中，如果員工和分公司簽訂了勞動合同，工資在分公司發放，該員工發生的國內旅客運輸服務可否在總公司抵扣增值稅？
一、分公司就地繳納增值稅
《中華人民共和國增值稅暫行條例》（國務院令第134號）規定，總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地主管稅務機關申報納稅；經國家稅務總局或其授權的稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地主管稅務機關申報納稅。
和企業所得稅不同，分支機構屬于增值稅獨立納稅主體，如果分公司就地繳納增值稅，則分支機構只能就分支機構的銷售額和可抵扣進項稅額計算分支機構應該繳納的增值稅，分支機構如果當期進項稅額大于銷項稅額，該差額部分也不能抵減總公司當期應納增值稅額。
因此，在分公司就地繳納增值稅的情況下，分公司員工發生的國內旅客運輸服務，不能在總公司抵扣增值稅。
二、分公司不就地繳納增值稅
（一）總分機構不在同一縣市，但在同一地區
總分機構不在同一縣市，但在同一省區內，總分機構的增值稅該如何繳納呢？
《財政部 國家稅務總局關于固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅[2012]9號）規定，固定業戶的總分支機構不在同一縣（市），但在同一省（區、市）范圍內的，經省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。
如果在同一地區的總分機構經過審批后，由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅，分支機構無需就地繳納增值稅。總公司申報的銷項稅額實際上就是總分機構的合計對外銷售所對應的銷項稅額，可抵扣的進項稅額實際就是總分機構共同發生的符合政策要求的合計對外采購所對應的進項稅額。
因此，在總分機構在同一地區，且總分機構匯總向總機構所在地申報繳納增值稅的情況下，分支機構員工發生的國內旅客運輸服務，可以在總機構抵扣增值稅。
（二）總分機構不在同一地區
總分機構不在同一地區，一般情況下，增值稅由總分機構分別就地繳納。但也并非絕對如此，以下情形就是例外。
1、總機構負責開戶、收款、開票
按照《國家稅務總局關于納稅人以資金結算網絡方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》的規定，納稅人以總機構的名義在各地開立賬戶，通過資金結算網絡在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構直接向購貨方開具發票的行為，不具備《國家稅務總局關于企業所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發〔1998〕137號）規定的受貨機構向購貨方開具發票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應稅收入應當在總機構所在地繳納增值稅。
依據上述規定，總分機構滿足上述情形，所有收入均應在總機構所在地繳納增值稅。與此對應，分支機構發生的各項支出所對應的進項稅也應在總機構抵扣。
因此，在這種情況下，分支機構發生的與總機構收入匹配的進項稅額（包括分支機構員工發生的國內旅客運輸服務對應的進項稅額），就可以在總機構進行抵扣。
2、分支機構屬于不具有主體生產經營職能，且不需在當地繳納增值稅的產品售后服務中心、內部研發中心、倉儲中心等
這種情況在實務中也比較常見，公司為了節約成本，在不同地區設立不具有生產經營職能的產品售后服務中心、內部研發中心、倉儲中心等，不需在當地繳納增值稅。
在這種情況下，該類分支機構只是成本中心，沒有收入發生，無需再當地繳納增值稅，其發生的與總機構收入匹配的進項稅額（包括分支機構員工發生的國內旅客運輸服務對應的進項稅額），也可以在總機構進行抵扣。
小提示：理論上可行的，實務中不一定行得通。各地稅務機關如何理解，只能自己去溝通了……
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