（三）知識產權的“配套”要求
《認定辦法》明確要求知識產權是企業在近三年內通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式取得；考慮到部分知識產權取得證書的周期較長，08年以來，審查部門放寬對知識產權證書取得日期的要求，即申報當年取得證書的也予以認可。
2012年，科委等部門明確，嚴格按照《認定辦法》的規定，申報當年取得證書的知識產權將不被認可。
雖然北京市目前并未對獨占許可的認可與否做明確規定，但就未來趨勢發展而言，獨占許可方式存在被完全取消的可能性，所以企業申報高新復審時不能僅僅依靠獨占許可，應盡可能的獲得自主研發的知識產權。另外，部分地區對非軟件行業企業申報6個軟件著作權的做法產生了質疑，在后續檢查中，對這類企業軟件著作權在項目中的應用提出了一系列的疑問。
建議企業申報時，不僅要注意證書取得證書的日期，更要加強知識產權與其產品的關聯性管理。
（四）人員驗證、證明資料的多樣化準備
《認定辦法》中只規定了科技、研發人員的占比，并未對科研人員的證明資料提出明確要求。實務中，部分企業在申報高新時，只提供了員工花名冊，并沒有提供相關的輔助證明資料，這類企業在08、09年度陸續通過了高新認定。2010年起，各監管部門也加大了對人員方面的審查力度，企業在認定或者復審時，不僅需要提供員工花名冊，還需要提供學歷證書、職稱證書等能夠證明員工身份的各類資料。甚至有的審查部門要求企業后續提供了與員工簽訂的勞動合同、員工社保繳納證明等資料。
近年來，稅務機關對高新技術企業的審核要求日益嚴格，為了合理合法地享受稅收優惠，建議企業在人事管理方面應立足全局考慮，提前規劃調整，以最嚴格的標準準備高新認定或復審。同時，為確保后續高新技術企業等稅收優惠資質的維持，除了申報需要提交的資料之外，企業應該準備好人事報表、職工工資單、社保繳納情況、個人所得稅申報系統等等原始基礎資料。
資質監管：高新技術企業監管力度的不斷強化
2012年末，科技部、財政部、國家稅務總局聯合下發《關于開展高新技術企業認定管理工作檢查的通知》，決定在全國范圍內開展對高新技術企業認定管理工作的檢查。
2013年年初，北京市科委、財政局、稅務局聯合下發《關于開展全市高新技術企業認定管理工作檢查的通知》文件，決定在全市范圍內開展對高新技術企業認定管理工作的檢查。
2014年，全國高新技術企業認定管理工作領導小組辦公室組織開展了多次對高新技術企業的重點檢查工作。此次重點檢查是對有關地區高新技術企業認定管理工作的一次全面檢查。在人員組成層面，檢查組由科技、財政、稅務系統專家聯合組成；在檢查對象層面，既有對企業的檢查，也有對認定機構、評審專家及中介機構的檢查；在工作方法層面，采用案頭檢查、約談、實地抽查相結合的檢查方式。
政策動態：高新技術企業認定管理辦法或將修改完善
自2008年4月《高新技術企業認定管理辦法》（簡稱《認定辦法》）出臺至今已有六年之久，《認定辦法》在具體實施中也有些許問題需要進一步完善。
2012年7月6日，全國科技創新大會通過了《關于深化科技體制改革、加快國家創新體系建設的意見》（以下簡稱《意見》），7月30日，國家科技體制改革和創新體系建設領導小組召開第一次會議，審議《落實〈意見〉任務分工》（以下簡稱“任務分工”），“任務分工”中將“完善高新技術企業認定辦法”作為一項重要工作加以確定。
2014年4月初，國家稅務總局高新技術企業認定管理辦法修訂和企業所得稅優惠項目收入口徑問題的研討會在合肥召開。會議針對高新技術企業認定中存在的問題，研究討論了《高新技術企業認定管理辦法（修訂意見稿）》和《高新技術企業認定管理工作指引（修訂意見稿）》，完善了高新技術企業認定流程的整體框架。據了解，《認定辦法（修訂意見稿）》將重點對研發費用、知識產權管理方面進行重點改進完善。
明稅建議：
《認定辦法》雖然明確了認定的標準及流程。但是在具體實施中，各地區的評審尺度把握不一，部分地區對各申請要件的標準把握也提出了較《認定辦法》較為嚴格的要求。《認定辦法》經過六年的實施操作，也需要進一步的完善修改。建議各高新技術企業按照從嚴的原則去把握各要件的準備，認真做好新技術企業認定和后續資質管理工作，按照要求進行備案工作，提前做好研發項目鑒定及加計扣除申請準備，做好知識產權的申請安排，梳理研發費用確定輔助賬和項目的一致性，做好科研人員驗證、證明資料的多樣化準備，以期順利享受稅收優惠政策。
