在土地增值稅清算過程中，房地產開發企業需繳納的費用有幾十種，包括政府性基金、行政事業性收費和經營服務性收費。對這些費用、基金，各地稅務機關有不同的處理規定，而準確歸集相關費用和基金，是正確計算土地增值額的關鍵之一。
政策規定
土地增值稅暫行條例及其實施細則：總體上明確了費用和基金的內容，并作出解釋。
《土地增值稅宣傳提綱》（國稅函〔1995〕110號）：取得土地使用權所支付的金額，包括納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用。以出讓方式取得土地使用權的，為支付的土地出讓金；以行政劃撥方式取得土地使用權的，為轉讓土地使用權時按規定補交的出讓金；以轉讓方式取得土地使用權的，為支付的地價款。
《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字〔1995〕48號）：明確了政府委托代收費用、利息支出、印花稅、契稅、評估費在計算土地增值稅扣除項目時如何扣除。
《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）：房地產開發企業辦理土地增值稅清算時計算與清算項目有關的扣除項目金額，應根據土地增值稅暫行條例第六條及其實施細則第七條的規定執行。除另有規定外，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關的稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。房地產開發企業的預提費用，除另有規定外，不得扣除。
《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號）：審核扣除項目是否符合要求，即在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時，其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除。扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發生的。扣除項目金額應當準確地在各扣除項目中分別歸集，不得混淆。扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用必須是在清算項目開發中直接發生的或應當分攤的。對于縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，審核其代收費用是否計入房價并向購買方一并收取；當代收費用計入房價時，審核有無將代收費用計入加計扣除以及房地產開發費用計算基數的情形。
《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）：房地產開發企業逾期開發繳納的土地閑置費不得扣除。房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同“按國家統一規定交納的有關費用”，計入“取得土地使用權所支付的金額”扣除。
探討分析
土地增值稅清算關鍵是扣除項目及金額的正確核算，而扣除項目及金額核算的關鍵是對取得土地使用權支付的金額、6項開發成本、開發費用進行準確歸集。土地增值稅暫行條例及其實施細則只對有關成本費用范圍及歸集作了大概性的描述，行政收費和政府基金具體如何操作目前還沒有明確的標準和口徑。
根據國稅發〔2009〕91號文件第二十一條及相關規定，筆者認為，房地產開發過程中交納的費用、基金同時符合以下原則的，可在開發成本中歸集扣除：
1.清算項目開發中直接發生的或應當分攤的。房地產開發生產流程包括注冊登記、土地取得、立項與規劃、建筑施工、銷售管理、產權辦理等環節，也就是說，在開發項目進入竣工驗收前所發生的費用（除財務會計制度規定直接計入當期損益外）都應歸集到開發成本或取得土地使用權所支付的金額，不與開發直接相關的費用不得扣除。
2.實際發生的。對于預提或退還的費用，除稅法明確的之外不得扣除。
3.取得合法有效的憑證。合法有效憑證，指對屬于應稅項目收費必須取得相關稅務正式發票；對非應稅收費必須取得省級以上財政部門收據；對應當取得但未取得合法憑據的不得扣除。
同時，在土地增值稅清算過程中，應將所發生的費用與開發項目之間的關聯性作為劃分標準。具體來說，要從費用發生的空間和時間上來區分。空間上，凡直接為土地、建房、基礎設施、配套設施而發生的費用作為開發成本，反之作為期間費用。時間上，凡在房屋竣工以前的環節發生的、能夠直接歸集到核算對象的費用作為開發成本，反之作為期間費用。此外，財務會計制度規定與稅法不一致的，按稅法規定處理，稅法未明確的，按財務會計制度及相關規定處理。
