對于企業來說，個人所得稅手續費收入是一筆勞務收入，企業應作為收入入賬。因為它符合收入確認的兩項原則，企業只要正常履行代扣繳義務，該經濟利益就可以確定獲得；而且手續費收入比例是確定的，因此該經濟利益也是可以計量的。同時，財政部、國家稅務總局、中國人民銀行《關于進一步加強代收代征稅款手續費管理的通知》[財行（2005）365號文]也明確規定：“三代”（代扣代繳、代收代繳、委托代征）單位所取得的手續費收入應該單獨核算，計入本單位收入，用于“三代”管理支出，也可以適當獎勵相關工作人員。
基于此，筆者認為，對于手續費收入，企業應記入“其他業務收入”，并在“其他業務收入”科目下增設“手續費收入”明細科目。相應地，有關代扣繳費用開支和對代辦人員的獎勵支出應記入“其他業務支出”，同時在“其他業務支出”科目下增設“手續費收入”明細科目。
有些地方財政局規定，個人所得稅代扣代繳手續費的提取分為按季度和按年度兩種方式辦理，有些地方則只按年度辦理，而且只在規定期限辦理，過期不予補辦。一般情況下，企業會在收到手續費后才對辦稅人員進行獎勵。對多數企業來說，對辦稅人員的獎勵是手續費收入的最主要用途。因此，根據收入成本配比原則，筆者認為該筆收入不宜采用權責發生制而應采用收付實現制進行核算。相應的賬務處理如下：
（1）收到手續費收入時，借記“銀行存款”，貸記“其他業務收入——手續費收入”。
（2）計算營業稅金及附加，借記“其他業務支出——手續費收入 ”，貸記“應交稅金——營業稅”、“應交稅金——城建稅”、“其他應交款——教育費附加”。
（3）支付代扣繳費用或獎勵辦稅人員時，借記“其他業務支出——手續費收入”，貸記“現金”。（4）期未，轉入本年利潤，借記“其他業務收入——手續費收入”，貸記“本年利潤”；同時，借記“本年利潤”，貸記“其他業務支出——手續費收入”。
二、稅務處理
對企業來說，手續費收入主要涉及到三個稅種：營業稅、個人所得稅、企業所得稅。
一是營業稅的處理。根據國務院令（1993）第136號《營業稅暫行條例》第1條規定：“在中華人民共和國境內提供本條例規定的勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產的單位和個人，為營業稅的納稅義務人，應當依照本條例的規定繳納營業稅。”企業取得的代扣代繳個人所得稅手續費收入屬于“服務業”征稅范圍，應按“服務業——代理業”稅目征收5%的營業稅。另外，《關于代扣代繳儲蓄存款利息所得個人所得稅手續費收入征免稅問題的通知》[國稅發（2001）31號]規定，對于儲蓄機構取得的手續費收入，應按規定交納營業稅。當然，目前也有個別地區對手續費收入免征營業稅，如黑龍江省就曾發文明確[詳見黑地稅發（1996）248號]，對于稅務部門委托代扣單位代扣稅金取得的手續費免征營業稅；廣州市也明確表示個人所得稅手續費收入免征營業稅。
二是個人所得稅的處理。根據國家稅務總局《關于印發〈個人所得稅代扣代繳暫行辦法〉的通知》[國稅發（1995）65號]和財政部、國家稅務總局《關于個人所得稅若干政策問題的通知》[財稅（1994）20號]規定，扣繳單位將取得的代扣代繳個人所得稅的手續費收入用于獎勵代扣代繳工作做得較好的辦稅人員，個人因此取得的代扣代繳稅款手續費收入按規定暫免征收個人所得稅。同時，對于儲蓄機構內從事代扣代繳工作的辦稅人員取得的扣繳利息稅手續費所得，按照《國家稅務總局關于代扣代繳儲蓄存款利息所得個人所得稅手續費收入征免稅問題的通知》[國稅發（2001）31號]的規定，免征個人所得稅。
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三是企業所得稅的處理。根據國務院令（93）第137號《企業所得稅暫行條例》第5條第7款規定：納稅人的收入總額包括其它收入。個人所得稅手續費收入不屬于暫行條例規定的免稅范圍，應依法繳納企業所得稅。
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