實際上，不征稅收入與免稅收入的一個根本區別在于：不征稅收入屬非應稅收入，而免稅收入屬應稅收入。因此，財稅[2008]1號明確軟件企業即征即退增值稅不作為企業所得稅應稅收入，就應該理解為不征稅收入。
不征稅收入和免稅收入稅收待遇有區別
在《企業所得稅法》中，免稅收入是在“稅收優惠”一章中出現的，而不征稅收入并未出現在這一章中，這也決定了兩者的稅收待遇不同。
根據國稅函[2010]79號《關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》規定，企業取得的各項免稅收入所對應的各項成本費用，除另有規定者外，可以在計算企業應納稅所得額時扣除。而財稅[2011]70號《關于專項用途財政性資金企業所得稅處理問題的通知》，以及此前的財稅[2009]87號《關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》都明確，不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
此外，軟件企業即征即退增值稅款要求的其中一個用途，便是由企業專項用于軟件產品的研發，而由于不征稅收入用于研發費用不能在稅前扣除，當然更不能享受稅前加計50%扣除的優惠了。不征稅收入和免稅收入在這種稅收待遇上的區別，也正是此前圍繞軟件產品即征即退稅增值稅款到底是免稅收入還是不征稅收入，而引發爭議的原因之一。
即征即退增值稅款并非一定作為不征稅收入
即征即退增值稅款作為不征稅收入，對企業的主要意義只是延遲納稅，以獲得資金時間價值，而且即使企業出現虧損，不征稅收入也不會用于彌補虧損，在企業所得稅年度納稅申報表上，不征稅收入在“納稅調整前所得”之前已經扣除。但正如前文所說，不征稅收入并非屬于稅收優惠，有時甚至會對企業產生不利影響。
那么，軟件企業即征即退的增值稅款是不是一定就要作為不征稅收入？根據國家稅務總局[2012]第15號《關于企業所得稅應納稅所得額若干稅務處理問題的公告》，企業取得的不征稅收入，凡未按照財稅[2011]70號規定進行管理的，如未對該資金及以該資金發生的支出單獨進行核算，則應作為企業應稅收入計入應納稅所得額，依法繳納企業所得稅。從這個規定看，軟件企業即征即退的增值稅款，并非一定就是作為不征稅收入。
實際上，即使企業對即征即退增值稅款按照規定管理，從而作為不征稅收入，該收入的性質也并非就永遠不改變。根據財稅[2011]70號規定，企業將符合條件的財政性資金作不征稅收入處理后，在5年（60個月）內未發生支出，且未繳回財政部門或其他撥付資金的政府部門的部分，應全額一次性計入取得該資金第六年的應稅收入總額。當然，該部分資金以后發生的支出，也允許在以后實際發生年度稅前扣除。
