最近有很多企業咨詢關于母公司拿地子公司開發的問題，在實務中，企業拿地時當地政府會要求在項目所在地必須成立項目公司，由項目公司來開發，這樣有利于當地政府監管，有利于將稅源留在當地，也有利于項目公司享受當地優惠政策，但往往項目公司成立和開發資質辦理需要時間，就會出現母公司先簽署協議繳納出讓金，然后向子公司轉移，操作不當往往會帶來巨大的涉稅風險，那么我們如何解決？
案例.母公司已簽署土地出讓協議并繳納出讓金，取得出讓金的財政票據
A公司為房地產企業，通過招拍掛的方式取得了一塊土地，同土地管理部門簽署《國有土地使用權出讓協議》，已繳納土地出讓金，同時取得抬頭為A公司的出讓金財政票據，還沒有取得國有土地使用權證書。現擬在項目所在地設立全資子公司實施項目開發。
請問：
一、成立項目公司來開發中標土地是否視為土地轉讓？
二、土地出讓金財政票據抬頭為A公司，項目公司計算土地增值稅、增值稅和企業所得稅時能否扣除？
三、假設，A公司未來將項目公司的股權轉讓，項目公司土地增值稅、增值稅和企業所得稅能否扣除土地成本？四、如果A公司為非房地產企業是否適用財稅[2016]140號文？
01.A公司成立項目公司來開發中標土地是否視為土地轉讓？
A公司成立項目公司來開發中標土地是否應視為土地轉讓，我們先來看2006年國土資源部出臺的《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規范（試行）》（國土資發[2006]114號）第10.2.6條：“申請人競得土地后，擬成立新公司進行開發建設的，應在申請書中明確新公司的出資構成、成立時間等內容。出讓人可以根據招標掛牌出讓結果，先與競得人簽訂《國有土地使用權出讓合同》，在競得人按約定辦理完新公司注冊登記手續后，再與新公司簽訂《國有土地使用權出讓合同變更協議》；也可按約定直接與新公司簽訂《國有土地使用權出讓合同》”，從文件表述可以看到，這種模式中母公司并非將土地轉讓，而是政府層面實施了拿地主體的變更，依據就是出讓合同的重簽或者變更，而且根據文件規定，母公司拍地與子公司設立是連續的環節，土地部門也不會先將土地證辦到母公司名下，因此不應視為轉讓。A公司應提前預先設計，按照《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規范（試行）》（國土資發[2006]114號）文件進行操作，摘牌后成立項目公司來開發中標土地不應視為土地轉讓。
02.土地出讓金財政票據抬頭為A公司，項目公司計算土地增值稅、增值稅和企業所得稅時能否扣除？
房地產母公司支付土地出讓金，國土部門向房地產公司開具抬頭為房地產母公司的土地出讓金行政事業收據或非稅收入繳款書。項目公司開發時，需要注意土地成本入賬的憑據除了變更或重簽的合同外，最好將母公司取得的出讓金財政票據交還財政，根據新簽署的合同重新換取項目公司抬頭的票據入賬。實務中，重新換取項目公司抬頭的票據難度非常大，很少有企業操作成功。
對于這個問題，營改增后國稅總局也做了明確，《國家稅務總局關于明確金融房地產開發教育輔助服務等增值稅政策的通知》（財稅[2016]140號）第八條規定：“房地產開發企業（包括多個房地產開發企業組成的聯合體）受讓土地向政府部門支付土地價款后，設立項目公司對該受讓土地進行開發，同時符合下列條件的，可由項目公司按規定扣除房地產開發企業向政府部門支付的土地價款：
（一）房地產開發企業、項目公司、政府部門三方簽訂變更協議或補充合同，將土地受讓人變更為項目公司；
（二）政府部門出讓土地的用途、規劃等條件不變的情況下，簽署變更協議或補充合同時，土地價款總額不變；
（三）項目公司的全部股權由受讓土地的房地產開發企業持有。”
根據以上規定，在以母公司或聯合體拿地時，必須注意以下三點：
第一，以上三個條件必須同時滿足，否則項目公司在計算應繳增值稅時不可以扣除房地產開發企業向政府部門支付的土地價款。
第二，“項目公司的全部股權由受讓土地的房地產開發企業持有”如果存在多個房地產開發企業組成的聯合體一起中標拿地，則項目公司的全部股權必須由參與中標土地的多個房地產開發企業組成的聯合體共同持有。如果只有一個房地產企業參與中標拿地，則項目公司的全部股權，即100%的股權必須由該參與土地中標的一家房地產企業持有。
第三，房地產母公司支付土地出讓金，國土部門向房地產公司開具抬頭為房地產母公司的土地出讓金行政事業收據或非稅收入繳款書，根據財稅[2016]140號第八條的規定以及實質重于形式的原則，國土部門向房地產公司開具抬頭為房地產母公司的土地出讓金行政事業收據或非稅收入繳款書可以在子公司做成本入賬，在計征增值稅時進行抵扣，在企業所得稅前也可扣除，但在土地增值稅清算能否扣除目前沒有稅收法律法規依據。
土地增值稅清算是針對整個項目清算，雖然本項目的土地成本和建安成本的抬頭是兩個公司，卻是同一項目發生的成本，所以，理論上土地成本可以扣除，只是需要提供進一步的證據證明。
進一步的證據證明是指，項目公司應當在確認土地成本時，取得并保存好國土部門同意將土地使用權辦至本公司名下的文書、A公司簽訂的土地出讓合同復印件和支付土地出讓金票據的復印件，以便在計算土地增值稅扣除土地成本時查證。
03.土地出讓金財政票據抬頭為A公司，A公司未來將項目公司的股權轉讓，項目公司清算時是否可以扣除土地成本？
《國家稅務總局關于明確金融房地產開發教育輔助服務等增值稅政策的通知》（財稅[2016]140號）文所列扣除條件，第3個條件是“項目公司的全部股權由受讓土地的房地產開發企業持有”，但這“全部股權”是靜態時點的100%股權由房地產開發企業持有，即在項目公司完善產權手續并在報批報建前保持該狀態即可扣除，還是在動態時間段，即整個房地產開發周期情況下都要保持100%股權相同，方能扣除土地價款呢？
地產公司支付土地價款時點到項目公司扣除土地價款時點，短則3~5年，如果是地產項目是成片開發或分期開發，時間則更長。在如此長的時間內，若嚴格按財稅[2016]140號文要求項目公司100%的股權保持不變方能扣除是實在勉為其難，對房地產公司也不公平。眾所周知，房地產項目由于融資需要、合作開發需要，常常在拍到土地后就會引進新股東實現增資擴股，也可能是老股東轉讓股權引進新股東，還可能因明股實債原因發生股權變動。
對此事項，后期股權變動是否會影響土地價款在增值稅前扣除，目前有兩種觀點：
觀點一：實質重于形式，股權變動不影響土地價款扣除。理由是股權與土地要分開來看，股權變動是企業控制層面，土地價款是企業經營層面，控制層面的變動不影響經營層面的稅款扣除，只要項目公司在取得土地價款當時符合形式條件即可，并且從財稅[2016]140號文前置業務文件來看，也是如此。《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規范（試行）》（國土資發[2006]114號）第10.2.6條國土資源部的文件來看，主要是抑制土地競得人在拍得土地后未實際開發前就通過股權變更方式“炒賣”土地，如果競得人按約定成立新公司后，出讓人與新公司簽訂《國有土地使用權出讓合同變更協議》，以新公司名義受讓國有土地使用權的，視同出讓人將土地使用權直接出讓給新公司，按出讓國有土地使用權征收有關稅款；故從財稅[2016]140號文的規定和國土資發[2006]114號文的脈絡來看，它是抑制在土地正式出讓前的炒賣行為，并不約束項目公司取得土地開發的行為，也就不能影響土地價款扣除。再如2018年2月28日北京市國家稅務局12366解答增值稅、企業所得稅及稅收征管的17個熱點問題中認為財稅[2016]140號文中的第3個條件，將土地受讓人變更為項目公司時，項目公司的全部股權由受讓土地的房地產開發企業持有即可。北京市國家稅務局強調的是靜態時點的100%股權由房地產開發企業持有，即在項目公司完善產權手續并在報批報建前保持該狀態即可扣除。
觀點二：形式重于實質，在正式扣除前的股權變動都影響土地價款稅前扣除，違反了財稅[2016]140號文中“全部股權由受讓土地的房地產開發企業持有”，政策本意不支持該類情況。
持此類觀點的人并不在少數，如廣東省國稅局和廣東省財政廳于2017年11月所發的《營改增試點行業納稅遵從指引——房地產業》就是持此觀點，該指引的第四部分“銷售額確認的涉稅風險中部分（15.2.3條）”是這樣對納稅人提示土地價款的涉稅風險：項目公司錯誤扣除地價款，項目公司按照財稅[2016]140號第八條規定承接了房地產開發企業所支付的土地價款后，若發生股權轉讓使得項目公司的股權不再全部由房地產開發企業持有，則不符合財稅[2016]140號第八條的規定。因此，房地產開發企業的項目公司在進行納稅申報時，應判斷是否同時符合財稅[2016]140號第八條規定的3個條件，以確定是否可從當期銷售額中扣除對應的土地價款。
按廣東省國稅局所發的該指引，如果后期房地產開發企業持有項目公司的股權發生變動，不論是新股東增資形成，還是老股東對外轉讓形成，都不符合土地價款稅前扣除規定。
在稅收法律中，對于規定未明確之處應按照“實質重于形式”原則處理，但在征管實踐中往往演變為“形式重于實質”，如本文提到的廣東省國稅局的這個風險提示，更多是從減少征稅風險來理解稅法規定。
希望稅務機關按照有利于房地產公司的觀點一來處理，使得納稅人在土地價款扣除時不因后期股東層面的變動而承擔不明確的稅收風險。但從減少涉稅風險出發，建議項目公司可在土地價款扣除申報后再作股權變動，也可使用代替股權變動的其他方法來實現相關利益者權益，待條件成熟后再進行轉股，如股權質押，股權代持，但這往往又脫離企業實際需要。
04.若A公司為非房地產企業，是否適用財稅[2016]140號文？
財稅[2016]140號該條款解決了房地產開發企業開發過程中“先拍地、再注冊”，土地價款財政票據抬頭為房地產開發企業，而實際開發銷售房地產由其子公司項目公司完成，項目公司扣除土地價款時扣除憑證上的單位名稱不一致的問題。
扣除條件中規定“項目公司的全部股權由受讓土地的房地產開發企業持有”，也就是說上述條款適用的項目公司必須是由房地產開發企業（包括多個房地產開發企業聯合）組建的，不能包含非房地產開發企業。
實務中，除房地產開發企業、房地產開發企業組成的聯合體，還有可能是非房地產企業或自然人受讓土地。情理上，對于非房地產企業或自然人受讓土地也應比照執行，基于稅收法定原則，仍需財政部、國家稅務總局繼續發文進一步明確。
05.關于母公司拿地項目公司開發操作的幾點建議
第一，母公司（土地競得人）在向國土部門提交的《投標(競買)申請書》中約定以下內容：
①擬成立子公司進行開發建設;
②擬成立子公司的出資構成、成立時間;
③房地產母公司代替擬成立子公司墊付土地出讓金，土地出讓金的收據等子公司注冊成立后直接開給子公司名下。
第二，與國土部門協商一致，根據招標掛牌出讓結果，國土部門先與房地產母公司簽訂《國有土地使用權出讓合同》，在房地產母公司辦理完子公司注冊登記手續后，再與子公司簽訂《國有土地使用權出讓合同變更協議》；或者約定國土部門直接與子公司簽訂《國有土地使用權出讓合同》。
