1.合并企業應按公允價值確定接受被合并企業各項資產和負債的計稅基礎。
2.被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3.被合并企業的虧損不得在合并企業結轉彌補。
B研究院若實施一般性合并，A公司資產、負債賬面價值幾乎等同于公允價值，無評估增值可能，A公司資產近5年未彌補虧損500萬元不能在B研究院未來所得中得到彌補。合并后A公司其他應付款下B研究院的往來借款，與B研究院其他應收款下A公司的借款對沖，B研究院滾存未分配利潤合并后減少1650萬元。該方案下，B研究院因一般性合并，投資A公司的虧損未獲得稅收彌補。
B方案：特殊性合并
財稅〔2009〕59號文件第六條第四項規定，企業合并企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業合并，可以選擇按以下規定處理：
1.合并企業接受被合并企業資產和負債的計稅基礎，以被合并企業的原有計稅基礎確定。
2.被合并企業合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼。
3.可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額＝被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。
4.被合并企業股東取得合并企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合并企業股權的計稅基礎確定。
A公司是B研究院全資子公司，符合特殊性稅務處理條件。B研究院若實施特殊性吸收合并，A公司資產、負債賬面價值以原有的計稅基礎并入B研究院。因A公司凈資產為負，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額＝被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率，B研究院可彌補的A公司虧損額為0.A公司近5年虧損額500萬元無法得到彌補。同樣，B研究院投資A公司的虧損未獲得任何稅收彌補。
C方案：直接注銷
A公司通過程序實施資產、債權、債務清算后，直接注銷，B研究院投資A公司，產生投資損失。
《財政部、國家稅務總局關于清算業務企業所得稅若干問題通知》（財稅〔2009〕60號）規定，企業的全部資產可變現價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。
A公司資不抵債，按照國家稅務總局清算所得申報表計算思路，A公司欠母公司B研究院往來款1300萬元，因A公司無力償還，轉作債務清償收益。經初步計算，清算所得為1150萬元，彌補前5年虧損500萬元后，還有清算所得650萬元，需繳納稅款160萬元左右。而A公司賬面存款只有1萬元，根本無力繳納稅款。長年虧損，資不抵債，無力清償到期債務而關門的企業，竟然需要繳納清算企業所得稅，顯然有悖常理。在實踐中，資不抵債情況下清償收益如何計算，給執行清算的稅務人員帶來很大困擾，需要國家稅局總局作出進一步明確。對此，天津市地稅局、國稅局《企業清算環節所得稅管理暫行辦法公告》明確了清償收益計算限額，幫助企業走出了因無力償債而關門卻需繳納清算所得稅的死胡同。該辦法第十一條規定，企業清算期間確定的不需支付的應付款項，需并入清算所得征稅。企業清算期間應支付但由于清算資產不足以償還的未付款項，無需并入清算所得征稅。根據該辦法規定計算，A公司清算所得為-150萬元。
《企業會計準則第2號——長期股權投資》第十一條規定，投資企業確認被投資單位發生的凈虧損，應當以長期股權投資的賬面價值以及其他實質上構成對被投資單位凈投資的長期權益減記至零為限，投資企業負有承擔額外損失義務的除外。B研究院對A公司長期股權投資為500萬元，雖然A公司凈資產為負，未分配利潤為-1650萬元，遠大于實收資本，但可確認長期股權投資損失只有500萬元。報經稅務機關審核后，在B研究院收益中稅前扣除。
B研究院借給A公司的往來款1300萬元，因A公司注銷時無力償還，B研究院確認為壞賬。《國家稅務總局關于企業資產損失所得稅稅前扣除管理辦法的公告》（國家稅務總局公告2011年第25號）第四十六條第五項規定，企業發生非經營活動的債權，不得作為損失在稅前扣除。B研究院借給A公司的往來款1300萬元，屬于非經活動的借款，稅前無法扣除。
因A公司與B研究院為母子公司，歷年來，B研究院為A公司付出500萬元投資成本和1300萬元往來款現金流，會計上共形成1800萬元損失。C方案相比前兩個方案，稅收上也只能就500萬元投資損失進行彌補。
D方案：先增資后注銷
母公司B研究院通過正常程序，對A公司增資1300萬元，這時，A公司實收資本從500萬元變成1800萬元，凈資產從負到正，同時B研究院對A公司長期股權投資賬面價值也從500萬元增加到1800萬元。A公司因1300萬元增資，償還欠母公司B研究院的1300萬元往來款，這時母子公司無往來借款。然后，關閉注銷A公司。清算債權債務后，虧損150萬元，加上原有公司的經營虧損1650萬元，這時A公司資產負債表未分配利潤數為-1800萬元，實收資本1800萬元，凈資產為0.母公司B研究院可確認長期股權投資損失1800萬元，無與A公司壞賬損失，報經稅務機關審核后，可以稅前扣除。
方案比較
A公司因長期經營不善，造成了巨額虧損，給母公司B研究院帶來投資損失及壞賬損失共計1800萬元， 母公司B研究院從稅收角度出發，希望能最大限度得到稅收彌補，減少未來母公司的稅收支出。A、B兩方案下，B研究院未獲得任何稅收彌補；C方案下，B研究院只能彌補投資損失500萬元；而D方案下，B研究院全部損失得到彌補，顯然最有利。
