第二條本辦法所稱納稅人是指已辦理稅務登記證或臨時稅務登記證的增值稅小規模納稅人，但不包括未達增值稅起征點的個體工商戶。
持有本轄區主管國稅機關核發《臨時稅務登記證》的納稅人，其提供貨物運輸服務的起運地或者到達地應為本轄區。
第三條本辦法所稱代開貨運專用發票是指，納稅人提供貨物運輸服務，接受方索取貨運專用發票的，主管國稅機關按規定為其代開的行為。
第四條主管國稅機關應在辦稅服務廳設立代開貨運專用發票崗和稅款征收崗，負責代開貨運專用發票和稅款征收工作。
第五條代開貨運專用發票統一使用貨物運輸業增值稅專用發票稅控系統開具。
第六條納稅人申請代開貨運專用發票時，應填寫《代開貨物運輸業增值稅專用發票及繳納稅款申報單》(式樣見附件，以下簡稱《申報單》)，連同下列資料，到主管國稅機關辦理代開手續。
(一)《稅務登記證》副本或《臨時稅務登記證》副本及復印件，經辦人合法身份證件及復印件；
(二)承包、承租車輛、船舶營運的，應提供承包、承租合同及出包、出租方車輛、船舶及營運資質的有效證明復印件；
(三)承運人自有車輛、船舶及營運資質的有效證明復印件；
(四)承運人同貨主簽訂的承運貨物合同或者托運單、完工單等其它有效證明。
上述資料中的2、3項僅在第一次申請代開貨運專用發票時提供。
本條所稱的車輛、船舶的有效證明，是指《中華人民共和國機動車行駛證》和《船舶所有權登記證》；
本條所稱的運輸單位營運資質的有效證明，是指《道路運輸經營許可證》、《船舶營業運輸證》。
第七條主管國稅機關辦稅服務廳接到《申報單》后，按以下程序代開貨運專用發票。
(一)資料審核
代開貨運專用發票崗對以下事項進行審核：
1.《稅務登記證》或《臨時稅務登記證》中所登記的納稅人，是否屬于本轄區內的納稅人；
2.《稅務登記證》或《臨時稅務登記證》中所登記的納稅人，是否與車輛、船舶及營運資質的有效證明一致。如不一致的，應提供車輛、船舶承包、承租合同；
3.對持《臨時稅務登記證》申請代開的納稅人，應查看承運人同貨主簽訂的承運貨物合同或者托運單、完工單等其它有效證明，確認起運地或者到達地為本轄區；
4.申請代開資料是否齊全，與《申報單》填寫內容是否一致；
5.《申報單》填寫、計算是否完整正確。
審核無誤后，將《申報單》傳遞至稅款征收崗。
(二)征收稅款
稅款征收崗應在CTAIS中，按照《申報單》上注明的稅額征收稅款，開具稅收完稅憑證，同時在《申報單》上填寫稅收完稅憑證號碼和填開日期，簽署經辦人姓名。
納稅人繳納稅款后，憑《申報單》和稅收完稅憑證及《稅務登記證》副本或《臨時稅務登記證》副本，到代開貨運專用發票崗申請代開貨運專用發票。
(三)代開貨運專用發票
代開貨運專用發票崗確認《申報單》和稅收完稅憑證上的金額、稅額相符后，按照《申報單》、完稅憑證和專用發票一一對應即“一單一證一票”原則，依次逐欄為納稅人代開貨運專用發票，同時應在《申報單》上填寫代開貨運專用發票代碼、號碼及填開日期，并簽署經辦人姓名。
第八條主管國稅機關應在代開貨運專用發票上加蓋統一樣式的“代開發票專用章”；小規模納稅人應在代開貨運專用發票的備注欄上，加蓋本單位的發票專用章，臨時戶納稅人可不加蓋發票專用章。
第九條代開貨運專用發票遇有填寫錯誤、服務中止或折讓等情形的，按照增值稅專用發票有關規定處理。
主管國稅機關代開貨運專用發票時填寫有誤的，應及時在貨運專用發票防偽稅控代開票系統中作廢，重新開具。代開貨運專用發票后發生退票的，主管國稅機關按照增值稅一般納稅人作廢或開具負數專用發票的有關規定進行處理。對需要重新開票的，主管國稅機關應同時進行新開票稅額與原開票稅額的清算，多退少補；對無需重新開票的，按有關規定退還納稅人已繳的稅款或抵減下期申報稅款。
第十條為納稅人代開的貨運專用發票應統一使用六聯貨運專用發票，第五聯代開貨運專用發票崗位留存，以備發票的掃描補錄，第六聯交稅款征收崗位，用于代開貨運專用發票稅額與征收稅款的定期核對，其他聯次交納稅人。
第十一條代開貨運專用發票崗經批準后，到增值稅專用發票發售窗口領取貨運專用發票，并將相應發票的電子信息讀入貨運專用發票稅控代開票系統。
第十二條代開貨運專用發票崗應在每月納稅申報期的第一個工作日，將上月所開具的代開貨運專用發票數據抄取、傳遞到貨運稅控報稅系統。代開貨運專用發票的金稅盤等專用設備發生故障的，主管國稅機關應使用留存的專用發票第五聯進行掃描補錄。
第十三條代開貨運專用發票崗應妥善保管代開貨運專用發票數據，及時備份。
第十四條主管國稅機關應按月對代開貨運專用發票進行匯總統計，對代開貨運專用發票數據通過增值稅計算機稽核系統比對后屬于滯留、缺聯、失控、作廢等情況，應及時分析，查明原因，按規定處理，確保代開貨運專用發票存根聯數據采集的完整性和準確性。
第十五條主管國稅機關對納稅人申請代開貨運專用發票所對應的自備(含租賃)車輛應建立代開發票納稅人自備車輛電子登記簿。
第十六條市州級國稅機關應根據掌握的本地區納稅人自備運輸工具核定載質量(車)或凈噸位(船)、業務飽和度和每噸車(船)月平均營業收入等指標，計算區域內交通運輸月度營運收入預警值的均值和高值，并以此確定納稅人的月度開票限額預警值的均值和高值，定期予以發布。
第十七條主管國稅機關可根據市州局發布的預警值，結合本區域實際情況，發布本地區貨物運輸行業營運收入和開票限額預警值，幅度控制在市州局發布預警值的20%以內。
第十八條主管國稅機關要運用預警值指標加強對納稅人的管理。不定期對申請代開貨運專用發票的納稅人是否具備運輸工具、實際運輸能力等情況進行核查；將其實際運輸能力與代開發票金額情況進行比對，對納稅人申請代開貨運專用發票累計金額超過預警值的，需進行實地核查，核查未發現問題的，可申請代開貨運專用發票。
第十九條本辦法自2012年12月1日起施行。
