根據我國稅法規定，合伙企業不是所得稅納稅人，合伙企業取得的所得直接由合伙人繳納所得稅。因此，創業投資基金采用合伙企業形式可有效避免經濟性重復征稅問題。所以，大家在實踐中可以看到，目前在中基協備案的PE投資基金大部分都是以有限合伙企業形式存在的。
相對于公司型基金而言，合伙型基金雖然有“穿透稅制”的特點，不存在經濟性重復征稅問題。但是，從稅收制度層面，為了防止避稅，稅制就要求合伙企業當年賺取了利潤，不管合伙企業是否實際向合伙人分配，都必須分攤給合伙人交稅。實際上，在PE投資的實踐中，合伙基金協議往往規定了非常復雜的利潤分配原則，比如優先級分配達到一定比例，劣后級才能分配。隨著合伙基金投資收益達到不同比例，優先級和劣后級投資人之間的分配比例都在不斷變化。不到最后基金結束，無法準確知道每個合伙人應分得的所得。由于我國稅法要求，合伙企業當年賺取了利潤，就必須分攤到對應合伙人，合伙協議約定不清，就按投資比例分，投資比例不行就平均分攤，且不允許只將利潤分攤給部分合伙人交稅。因此，稅制的要求就和PE投資基金的實踐產生了很大的沖突。這就表現為我國目前合伙企業稅制和PE投資基金的實踐出現很大脫節，這也造成了很多合伙型投資基金面臨很多不確定性的稅收風險。
而公司型基金則不存在這個問題，公司型賺取的利潤只要在公司型基金層面交稅，不實際向投資人分配不存在所得稅問題。而如果實際向投資人分配，都已經是確定性事件，也就不存在稅收爭議了。但是，公司型基金經濟性重復征稅的特點導致了大家都不愿意采用。這次，國務院關于深化北京市新一輪服務業擴大開放綜合試點建設國家服務業擴大開放綜合示范區工作方案的批復對于公司型創業投資公司進行了大膽的稅制層面創新：在中關村國家自主創新示范區開展公司型創投企業所得稅優惠政策試點，在試點期限內，對符合條件的公司型創投企業按照企業年末個人股東持股比例免征企業所得稅，鼓勵長期投資，個人股東從該企業取得的股息紅利按照規定繳納個人所得稅，具體條件由財政部、稅務總局商有關部門確定。
這里，我國稅制層面換了一個方式，創造性地緩解了公司型基金的經濟性重復征稅問題。即從鼓勵長期投資的角度出發，對于符合條件的公司型創投企業按照企業年末個人股東持股比例免征企業所得稅，個人股東從該企業取得的股息紅利按照規定繳納個人所得稅。
假設如上圖，符合條件的公司型基金(具體條件有待財政部、國家稅務總局明確)個人投資人年末占比為80%，該公司型基金當年應稅所得為500萬元。這對于其中500*80%=400萬部分免征企業所得稅，剩余的500*20%=100萬對應的企業投資人部分正常按照25%繳納企業所得稅。
總體來看，如果國函〔2020〕123號的這一政策全國推廣，公司型基金在稅制層面就克服了合伙型基金的兩大弊端，在稅收上的競爭力更強：
1、克服了合伙型基金每年都要分攤所得給合伙人，但實際在基金清算前沒法準確分攤導致矛盾的問題。公司型基金只有在實際向投資人分配時對應投資人才交稅，沒有這個矛盾。
2、合伙型基金取得收益，即使不實際分配合伙人，合伙人也需要交稅，這就意味著合伙人要額外掏錢提前交稅，換來實際分配環節不交稅。但是，國函〔2020〕123號創新的稅制能夠落地，則公司型基金賺取的所得在公司環節可暫不交稅，而沒實際向個人投資人分配，個人投資人也不交稅，節約的稅收既增加了公司型基金再投資的資金量，也解決了經濟性重復征稅問題，降低了個人投資人實際所得稅負擔。
因此，總體來看，國函〔2020〕123號的政策如果全國推廣，公司型基金在稅制層面應該就整體優于合伙型基金了。所以，在PE投資界，大家對國務院這樣的重要稅制創新還是翹首以盼的。
