(一)購買方申請開具
1、前提條件
當出現以下情況時，應由購買方申請開具紅字專用發票：
(1)一般納稅人取得專用發票后，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件(同時符合：當月、未抄稅、未認證或認證不符三個條件)的;
(2)因銷貨部分退回或發生銷售折讓的。
2、開具流程
(1)購買方應向主管稅務機關填報《申請單》。《申請單》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證。
經認證結果為“認證相符”并且已經抵扣增值稅進項稅額的，一般納稅人在填報《申請單》時不填寫相對應的藍字專用發票信息。
經認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”的，一般納稅人在填報《申請單》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
《申請單》一式兩聯：第一聯由購買方留存;第二聯由購買方主管稅務機關留存，且《申請單》應加蓋一般納稅人財務專用章。
(2)購買方主管稅務機關對一般納稅人填報的《申請單》進行審核后，通過紅字增值稅專用發票通知單管理系統開具《開具紅字專用發票通知單》。(以下簡稱通知單)
《通知單》應與《申請單》一一對應。《通知單》一式三聯：第一聯由主管稅務機關留存;第二聯由購買方送交銷售方留存;第三聯由購買方留存。
《通知單》應加蓋主管稅務機關印章。
《通知單》應按月依次裝訂成冊，并比照專用發票保管規定管理。
(3)購買方將《通知單》交予銷售方
購買方稅務機關開具《通知單》后將《通知單》交給購買方，購買方將《通知單》傳遞給銷售方。
(4)銷售方開具紅字專用發票
銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發票，在防偽稅控系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《通知單》一一對應。
進項稅額轉出要求
購買方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，可視不同情況按照以下要求掌握：
(1)對《通知單》所對應的藍字專用發票已認證抵扣的，購買方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證;
(2)對《通知單》所對應的藍字專用發票已認證未抵扣的，購買方先列入當期進項稅額，再暫依《通知單》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證;
(3)對《通知單》所對應的藍字專用發票認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”及“無法認證”的，不作進項稅額轉出。
(二)銷售方申請開具
1、前提條件
當出現以下情況時，應由銷售方申請開具紅字專用發票：
(1)因開票有誤購買方拒收專用發票的;
(2)因開票有誤等原因尚未將專用發票交付購買方的。
值得注意的是，兩種條件下對應的申請時限不同。因開票有誤購買方拒收的，銷售方須在專用發票認證期限內提出申請;尚未交付的，銷售方須在開具有誤專用發票的次月內提出申請。
2、開具流程
(1)銷售方提交申請單
銷售方須在規定期限內向主管稅務機關填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由或由銷售方出具的寫明具體理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料。
(2)銷售方稅務機關開具通知單
銷售方稅務機關根據納稅人提交的申請單，審核后通過紅字增值稅專用發票通知單管理系統開具通知單。
(3)銷售方開具紅字專用發票
銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發票，在防偽稅控系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《通知單》一一對應。
(三)小結
1、紅字專用發票不需認證
根據《關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》(國稅發[2006]156號)第十八條和《關于修訂增值稅專用發票使用規定的補充通知》(國稅發[2007]18號)第三條，購買方取得銷售方開具的紅字增值稅專用發票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。紅字專用發票暫不報送稅務機關認證。
2、超認證期限無法開具紅字專用發票
根據《關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》(國稅發[2006]156號)和第十四條的規定，《申請單》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證。
因此，對已在認證期限內進行認證的專用發票開具紅字專用發票沒有時間限制。企業可以根據自己的業務情況在取得主管稅務機構開具的《通知單》后開具紅字專用發票。但超過90天(2010年1月1日以后開具的發票為180天)認證期限未認證的專用發票，無法取得《通知單》，自然無法開具紅字專用發票。
3、案例分析
A公司在2008年12月和2009年7月合計銷售給客戶B公司一批貨物，現有部分貨物因質量不合格退回，發票現在已經超過90天。A公司無法申請開具紅字發票通知單，如何處理?經了解購買方B公司已經按照規定認證發票抵扣進項稅。
解析：這屬于由購買方開具紅字發票通知單的情形，發生銷貨退回應由購買方B公司申請開具紅字發票通知單，通知單申請并無90天時間限制。A公司憑紅字發票通知單開具紅字發票。同時A公司應按照國稅發[2007]18號文的規定，開具紅字發票后按照規定向主管稅務機關進行備案。
