為調整和完善農產品增值稅抵扣機制，2012年4月6日起，經國務院批準，財政部國家稅務總局決定在部分行業開展農產品增值稅進項稅額核定扣除（以下簡稱：核定扣除）試點。至今已經四年有余，制度幾經變化和發展，梳理其演化過程，有助于更好地理解和把握核定扣除的核心精神和操作流程。
一、財稅〔2012〕38號文：核定扣除之雛形
1、政策文件
財政部國家稅務總局《關于在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的通知》（財稅〔2012〕38號）
2、試點范圍
自2012年7月1日起，以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人。
3、核定方法—
三種情況
（1）以購進農產品為原料生產貨物的納稅人
①投入產出法
參照國家標準、行業標準（包括行業公認標準和行業平均耗用值）確定銷售單位數量貨物耗用外購農產品的數量。
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期農產品耗用數量×農產品平均購買單價×扣除率/（1＋扣除率）
當期農產品耗用數量=當期銷售貨物數量（不含采購除農產品以外的半成品生產的貨物數量）×農產品單耗數量
②成本法
依據試點納稅人年度會計核算資料，計算確定耗用農產品的外購金額占生產成本的比例
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期主營業務成本×農產品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
農產品耗用率=上年投入生產的農產品外購金額/上年生產成本
③參照法
新辦的試點納稅人或者試點納稅人新增產品的，試點納稅人可參照所屬行業或者生產結構相近的其他試點納稅人確定農產品單耗數量或者農產品耗用率。次年，試點納稅人向主管稅務機關申請核定當期的農產品單耗數量或者農產品耗用率，并據此計算確定當年允許抵扣的農產品增值稅進項稅額，同時對上一年增值稅進項稅額進行調整。
（2）購進農產品直接銷售的試點納稅人
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期銷售農產品數量/（1－損耗率）×農產品平均購買單價×13%/（1＋13％）
損耗率＝損耗數量/購進數量
（3）購進農產品用于生產經營且不構成貨物實體的試點納稅人
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期耗用農產品數量×農產品平均購買單價×13%/(1 13%)
4、扣除標準
①財政部和國家稅務總局不定期公布的全國統一的扣除標準。
②省級稅務機關商同級財政機關根據本地區實際情況，報經財政部和國家稅務總局備案后公布的適用于本地區的扣除標準。
③省級稅務機關依據試點納稅人申請，按照規定核定程序審定的僅適用于該試點納稅人的扣除標準。
5、核定程序
①審核制：以農產品為原料生產貨物
A、申請核定
B、審定。主管稅務機關應對試點納稅人的申請資料進行審核，并逐級上報給省級稅務機關。
②備案制：試點納稅人購進農產品直接銷售、購進農產品用于生產經營且不構成貨物實體扣除標準
二、國家稅務總局公告2012年第35號：核定扣除再明確
1、政策文件
《國家稅務總局關于在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法有關問題的公告》（國家稅務總局公告2012年第35號）
2、明確38號文執行的行業范圍
行業范圍按《國民經濟行業分類》（GB/T4754-2011）執行。
3、委托其他單位和個人加工液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油，其購進的農產品也均適用《通知》的有關規定。
4、不再按照財稅〔2012〕38號文中所附《農產品核定扣除增值稅進項稅額計算表》表樣填報。
5、按月向主管稅務機關報送：
《農產品核定扣除增值稅進項稅額計算表（匯總表）》；
《投入產出法核定農產品增值稅進項稅額計算表》；
《成本法核定農產品增值稅進項稅額計算表》；
《購進農產品直接銷售核定農產品增值稅進項稅額計算表》；
《購進農產品用于生產經營且不構成貨物實體核定農產品增值稅進項稅額計算表》。
三、財稅〔2013〕57號：核定扣除放權 擴圍
1、政策文件
財政部國家稅務總局《關于擴大農產品增值稅進項稅額核定扣除試點行業范圍的通知》（財稅〔2013〕57號）
2、放權
自2013年9月1日起，各省、自治區、直轄市、計劃單列市稅務部門可商同級財政部門，根據《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》(財稅〔2012〕38號)的有關規定，結合本省(自治區、直轄市、計劃單列市)特點，選擇部分行業開展核定扣除試點工作。
3、擴圍
各省、自治區、直轄市、計劃單列市稅務和財政部門制定的關于核定扣除試點行業范圍、扣除標準等內容的文件，需報經財政部和國家稅務總局備案后公布。
四、北京試點
（一）北京市國家稅務局北京市財政局公告2014年第11號：擴圍“豆制品”
1、政策文件
《北京市國家稅務局北京市財政局關于在豆制品行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的公告》（北京市國家稅務局 北京市財政局公告2014年第11號）
2、擴圍范圍
自2014年7月1日起，北京市以購進農產品為原料生產銷售豆制品的增值稅一般納稅人。
3、扣除標準
（1）以購進農產品為原料生產銷售的豆制品和相關產品實行全市統一的扣除標準。
（2）分：豆腐、豆腐干、豆漿、豆芽、大豆面條、腐竹、豆排卷、紅腐乳
（醬豆腐）、青腐乳（臭豆腐）、白腐乳、 醬腐乳、黃豆醬、甜面醬、生菜醬、蒜蓉辣醬、南乳汁、豆豉（由大豆、大料、丁香、桂皮、小茴香、干姜、甘草制造）、火鍋調料（由大豆、韭菜花、花生制造）、米醋（由碎米、稻殼制造）、料酒（由大料、小茴香、桂皮、花椒、丁香、干姜制造）、韭菜花、豌豆酥、脆脆樂 （脫水蔬菜、水果），確定了全市統一的豆制品和相關產品扣除標準。
