在“營改增”前，根據營業稅暫行條例的規定，外國企業向我國企業轉讓技術和商標，屬于轉讓無形資產，應就其全部收入繳納5%的營業稅。那么境內支付方在扣繳非居民企業的所得稅時，是否可以從非居民企業的全部收入中扣除營業稅呢?不可以。相關法規一再重申此事。企業所得稅法第十九條規定：非居民企業特許權使用費所得以收入全額為應納稅所得額。企業所得稅法實施條例第一百零三條進一步明確：稅法第十九條所稱收入全額，是指非居民企業向支付人收取的全部價款和價外費用。
《財政部、國家稅務總局關于非居民企業征收企業所得稅有關問題的通知》(財稅[2008]130號)也明確規定：對非居民企業取得稅法第三條第三款規定所得計征企業所得稅時，不得扣除上述條款規定以外的其他稅費支出。所以，境內支付方在扣繳非居民企業因取得包括技術轉讓所得、商標著作權轉讓所得在內的特許權使用費所得稅時，是不允許扣除營業稅的。
“營改增”后，境外單位取得的技術轉讓收入和商標著作權收入由被扣繳營業稅改為被扣繳增值稅，再被扣繳所得稅時，增值稅是否可以從全部收入中扣除?
一種意見認為，應扣除增值稅。其理由是增值稅與營業稅不同，增值稅屬于價外稅，而營業稅屬于價內稅，因此對境外單位征收企業所得稅，計稅依據不應包括增值稅。筆者認為，這種意見僅是一種理論分析，缺乏過硬的法律依據。
另一種意見認為，在扣繳所得稅時，不應扣除增值稅。其依據是《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點實施辦法》的有關規定。該實施辦法第十七條規定，境外單位或者個人在境內提供應稅服務，在境內未設有經營機構的，扣繳義務人按照下列公式計算應扣繳稅額：
應扣繳稅額=接受方支付的價款÷(1 稅率)×稅率
公式中的表述是“價款”，這個“價款”是含增值稅的，而企業所得稅有關法規就此問題的規定都是全部價款和價外費用，不得作任何扣除。如果按照不含稅價計算扣繳所得稅，就相當于從“價款”中扣掉了增值稅。
盡管將增值稅并入企業所得稅的計稅依據會導致重復征稅，但是在“營改增”前，由于營業稅不得扣除，實際也將營業稅并入了企業所得稅的計稅依據了。由于“營改增”前的計稅依據中含營業稅，如果“營改增”后，將非居民企業所得稅計稅依據改為不含增值稅的價款，計稅依據會變小，將少征企業所得稅。
從企業所得稅法對非居民企業的規定看，對非居民企業所得稅的規定與居民企業還是有一定區別的，不宜根據企業所得稅的一般原理分析，就得出按照不含增值稅的價款扣繳企業所得稅的結論。
當然，具體應該按照哪種方法處理，需要有關部門予以明確。對于納稅人而言，在主管部門明確規定可以按照不含增值稅的價款扣繳所得稅前，扣繳義務人按照含增值稅的價款扣繳企業所得稅比較保險。
此外，如果雙方合同約定，所有稅款由中方承擔，中方在計算扣繳所得稅時，還應將外方的不含稅收入還原成含稅收入，不得直接根據不含稅收入計算應扣繳的所得稅。
