主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)根據(jù)企業(yè)實際情況決定是否對納稅人年度不得抵扣的進項稅額進行清算。原則上，按年度數(shù)據(jù)計算不得抵扣的進項稅額小于按月計算的，需將差額調(diào)整到進項稅額中，清算月份將少納增值稅；如果年度計算數(shù)據(jù)大于按月計算的，差額應(yīng)補繳增值稅。
A公司系增值稅一般納稅人，主要從事采砂出售，同時購進散裝水泥部分包裝外銷、部分用于生產(chǎn)摻兌煤矸石比例不低于30%的水泥磚。采砂出售選擇簡易計算方法繳納增值稅，生產(chǎn)的水泥磚符合政策規(guī)定免征增值稅。2014年1月不含稅銷售收入58萬元，其中：水泥銷售收入21萬元、砂銷售收入12萬元、水泥磚銷售收入25萬元；全年銷售收入641萬元，其中：水泥收入219萬元、砂收入180萬元、水泥磚收入242萬元。
A公司支付的電費、水費無法劃分準(zhǔn)確用途，1月份無法劃分不得抵扣的進項稅額為1萬元，全年20萬元。1月份計算不得抵扣的進項稅額＝1×25÷（21＋12＋25）＝0.43（萬元），按月計算全年合計9萬元。
A公司的計算是否正確？答案是否定的。主要原因在于A公司沒有將簡易計稅方法計稅的自采砂收入作為計算不得抵扣進項稅額的基數(shù)。計算采用的是《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第二十六條規(guī)定的公式，即“不得抵扣的進項稅額＝當(dāng)月無法劃分的全部進項稅額×當(dāng)月免稅項目銷售額、非增值稅應(yīng)稅勞務(wù)營業(yè)額合計÷當(dāng)月全部銷售額、營業(yè)額”，不得抵扣的進項稅額的計算僅包括了免征增值稅的水泥磚銷售額。
簡易辦法征稅最早出現(xiàn)在《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整農(nóng)業(yè)產(chǎn)品增值稅稅率和若干項目征免增值稅的通知》（財稅[1994]4號）規(guī)定的一般納稅人生產(chǎn)下列貨物，可按簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅。
2008年修訂《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細(xì)則時，沒有對適用一般計稅方法的納稅人兼營簡易計稅方法計稅項目無法劃分不得抵扣的進項稅額的處理作出規(guī)定，簡易計稅方法計稅項目是在《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于在上海市開展交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅[2011]111號）中首次提出。《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于將鐵路運輸和郵政業(yè)納入營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2013〕106號）附件《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》（以下簡稱《實施辦法》）第二十四條規(guī)定用于簡易計稅方法計稅項目購進貨物、接受加工修理修配勞務(wù)或者應(yīng)稅服務(wù)的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣；第二十六條規(guī)定適用一般計稅方法的納稅人兼營簡易計稅方法計稅等項目，而無法劃分不得抵扣的進項稅額，不得抵扣的進項稅額＝當(dāng)期無法劃分的全部進項稅額×（當(dāng)期簡易計稅方法計稅項目銷售額＋非增值稅應(yīng)稅勞務(wù)營業(yè)額＋免征增值稅項目銷售額）÷（當(dāng)期全部銷售額＋當(dāng)期全部營業(yè)額）。即一般納稅人所購貨物專用于簡易計稅方法計稅項目，則進項稅額直接轉(zhuǎn)出計入相關(guān)成本；如果屬于混用則應(yīng)先計算不得抵扣的進項稅額，再計入相關(guān)成本。
A公司應(yīng)將采用簡易計稅方法計稅的砂銷售收入作為計算不得抵扣進項稅額的基數(shù)，2014年1月不得抵扣的進項稅額＝1×（12＋25）÷（21＋12＋25）＝0.64（萬元）。
從計算公式可以看出，不得抵扣進項稅額取決于納稅人當(dāng)期無法劃分的進項稅額大小和當(dāng)期不得抵扣進項稅額項目的銷售額占總銷售額的比重，為防范納稅人可以通過調(diào)節(jié)進項發(fā)票認(rèn)證抵扣時間及銷售額比重少計應(yīng)轉(zhuǎn)出的進項稅額，《實施辦法》第二十六條第二款規(guī)定，主管稅務(wù)機關(guān)可以按照上述公式依據(jù)年度數(shù)據(jù)對不得抵扣的進項稅額進行清算。本例中A公司根據(jù)年度數(shù)據(jù)計算的2014年應(yīng)當(dāng)轉(zhuǎn)出的進項稅額＝20×（180＋242）÷641＝13.17（萬元），與按月計算全年合計數(shù)9萬元相比，應(yīng)再轉(zhuǎn)出進項稅額4.17萬元。
