2013-02-28各區縣稅務局、市稅務三分局：
根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號，以下簡稱“57號公告”）的有關規定，結合本市實際，提出以下實施意見，一并執行：
一、適用范圍
（一）本市跨地區經營匯總納稅總機構（以下簡稱“本市匯總納稅總機構”）及其所屬跨地區分支機構。
本市匯總納稅總機構是指在本市范圍以外設立不具有法人資格分支機構的居民企業，不包括其設立在境外的分支機構以及本年度新成立跨地區經營的分支機構。總分機構均在本市的，由總機構匯總繳納企業所得稅。
（二）外省市居民企業總機構在滬設立的分支機構。
二、做好本市匯總納稅總機構企業所得稅分攤比例的備案
本市匯總納稅總機構在每年的3月20日前（2013年為3月31日前），按照《本市匯總納稅總機構企業所得稅分攤比例備案管理規程》（見附件1）的規定，到主管稅務機關辦理企業所得稅分攤比例備案。主管稅務機關應出具《匯總納稅總機構所屬分支機構企業所得稅分攤比例備案結果通知書》（見附件1），由總機構據此計算當年所屬分支機構應分攤的企業所得稅額。
本市匯總納稅總機構上年度被認定為小型微利企業的、跨地區設立不具有主體生產經營職能的內部輔助性二級分支機構的，主管稅務機關應開具《分支機構不就地預繳企業所得稅情況證明》（見附件1）。
本市匯總納稅總機構當年撤銷分支機構的，或者由于重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的跨地區經營二級分支機構的，以及匯總納稅企業內部發生合并、分立、管理層級變更等形式的新設或存續的二級分支機構的，應及時調整其所屬跨地區經營分支機構企業所得稅分攤比例，并在變更稅務登記之日起15日內重新辦理企業所得稅分攤比例備案。
本市匯總納稅總機構可在上海稅務網站（專欄專業/跨地區經營匯總納稅企業所得稅專欄）查詢相關信息，下載《上海市匯總納稅總機構所屬分支機構企業所得稅分攤比例計算表（2013版）》并填報。
三、企業所得稅預繳和匯算清繳
本市匯總納稅總機構所屬外省市二級分支機構按分攤比例在所在地進行企業所得稅的預繳和匯算清繳；所屬的本市分支機構與其具有主體生產經營職能的部門統一計算，視同一個分支機構按分攤比例在總機構所在地進行企業所得稅預繳和匯算清繳。
57號公告第五條第（三）、（五）項規定的不就地分攤繳納企業所得稅的分支機構企業所得稅在總機構所在地預繳和匯算清繳。
（一）預繳
本市匯總納稅總機構按季度預繳申報企業所得稅；外省市居民企業總機構在滬設立的分支機構，按其總機構主管稅務機關核定的預繳期申報預繳企業所得稅。
本市匯總納稅總機構根據當期實際利潤額，按照57號公告規定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳申報。本市匯總納稅總機構除填報《中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表》、《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》外，還應填報《上海市匯總納稅總機構企業所得稅預繳納稅申報補充表》（見附件2），在完成季度預繳申報后應及時到主管稅務機關打印《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》，由主管稅務機關加蓋受理專用章。
外省市居民企業總機構在滬分支機構，按其總機構填報的《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》預繳企業所得稅。
（二）匯算清繳
本市總機構自年度終了之日起5個月內，匯總計算企業年度應納稅所得額、應納所得稅額，扣除總機構和分支機構已預繳的所得稅額，計算出應繳應退稅款。總機構及其主體生產經營職能部門以及所屬本市分支機構按分攤比例一律結清應繳應退稅款，同時填報《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》，經主管稅務機關加蓋受理專用章后，由其跨地區經營分支機構據此辦理稅款繳庫或退庫。
外省市總機構在滬分支機構自年度終了之日起5個月內，按照其總機構填報的《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》就地辦理稅款繳庫或退庫，一律結清當年應繳應退稅款。
四、日常管理
（一）匯總納稅總機構信息管理
各單位每年在受理匯總納稅總機構企業所得稅分攤比例備案時，應對匯總納稅企業總機構、分支機構的稅務登記信息、備案信息、總機構出具的分支機構有效證明情況、企業所得稅年度納稅申報表、匯總納稅總機構所屬分支機構企業所得稅分攤比例計算表、財務報表等信息進行審核，及時做好征管系統的匯總納稅企業信息維護工作，每季度預繳申報期結束后1個月內上報匯總納稅企業所得稅征收管理情況，年度終了后2個月內，上報匯總納稅企業所得稅征收管理工作年度總結報告。
外省市總機構在滬分支機構未根據總機構的《匯總納稅企業分支機構所得稅分配表》就地預繳申報的，主管稅務機關應及時通過稅務總局“匯總納稅企業所得稅管理系統”發起委托核查，無法實現系統委托核查的，應及時向其總機構所在地主管稅務機關發送《關于核查跨地區經營匯總納稅企業情況的函》的書面核查函（見附件3）。
各單位應認真做好稅務總局“匯總納稅企業所得稅管理系統”的信息維護工作，在收到外省市主管稅務機關所得稅分配復核意見的20個工作日內完成復核工作并作出回復，同時將復核信息上傳“匯總納稅企業所得稅管理系統”。
（二）匯總納稅企業查補所得稅處理
對按照57號公告第二十七條規定的匯總納稅企業實施的稅務檢查，涉及本市匯總納稅總機構查補企業所得稅并需要分攤的，總機構應按照全部查補所得稅額減去屬于57號公告第五條第（三）、（五）項情形的分支機構查補所得稅額后的余額，再根據查補入庫年度的分攤比例分攤總、分機構的查補稅額，在規定的時間內辦理繳庫，總機構還應據此填報《上海市匯總納稅企業分支機構查補企業所得稅分配表——總機構填報》（見附件4）。
對分支機構在申報期內不提供《匯總納稅企業分支機構所得稅分配表》，主管稅務機關應按照《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則的有關規定予以處罰，并將處罰結果以書面形式告知其總機構以及總機構所在地主管稅務機關。
屬于總機構未向分支機構提供分配表的，分支機構所在地主管稅務機關應以書面意見形式提請總機構所在地主管稅務機關對總機構按照《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則的有關規定予以處罰。
外省市居民企業總機構在滬分支機構所在地主管稅務機關應配合總機構所在地主管稅務機關對其主管的二級分支機構實施稅務檢查，并在收到稅務檢查通知之日起20個工作日內作出檢查結果的書面回復；也可以自行對該二級分支機構的與營業收入、營業成本有關的應納稅所得額和應納稅額查增、查補，并出具稅務檢查報告及時反饋其總機構所在地主管稅務機關。
（三）深入研究跨地區經營企業所得稅征收管理
各單位應對轄屬的匯總納稅總分機構企業所得稅征收管理工作進行深入研究，針對征收管理的特點、難點提出相應的管理措施，市局適時在全市成立專責區和專項研究工作小組，共同研究制定專項管理辦法，提高全市匯總納稅企業所得稅管理水平。在此基礎上，市局將對各單位的跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理制定相應的考核辦法。
五、本意見自2013年1月1日起執行，上海市國家稅務局、地方稅務局《關于轉發〈國家稅務總局關于印發（跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法）的通知〉的通知》（滬國稅所一[2008]72號）、上海市國家稅務局、地方稅務局《關于印發〈本市匯總納稅總機構企業所得稅分攤比例備案管理規程（試行）〉的通知》（滬國稅所[2012]10號）同時廢止。
附件：1.匯總納稅總機構企業所得稅分攤比例備案管理規程
2.上海市匯總納稅總機構企業所得稅預繳納稅申報補充表
3.關于核查跨地區經營匯總納稅企業情況的函
4.上海市匯總納稅企業分支機構查補企業所得稅分配表——總機構填報
