按個人所得稅法規定，個人轉讓股權取得的所得，按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅。實務中，當自然人支付對價從原自然人股東購買被投資單位股權時，通常是按合同約定，取得被投資單位實收資本的份額計算出資額。隨著被投資單位組織形式變化，如從有限公司轉變為股份有限公司，涉及被投資單位凈資產折合股份業務，包括用盈余積累轉增資本交易，會涉及個人持有股權份額。在被投資單位發生重組業務時，自然人股東將轉讓持有被投資單位股份。在這種多環節股權變化中，怎樣確定自然人轉讓股權的計稅成本？本文通過案例分析。
甲科技有限公司（甲公司）成立于2006年10月。2014年8月，經股東會決議，將注冊資本由原人民幣600萬元，增加至人民幣1600萬元。
2014年9月，為適應“新三板”上市需要，經股東會決議，其中B自然人股東以100萬元價格，從原自然人股東A取得甲公司1.08%的股權，占注冊資本金額=1600×1.08%=17.28（萬元）。會計處理：
借：實收資本——A股東 17.28
貸：實收資本——B股東 17.28
2014年10月末，甲公司實收資本1600萬元，資本公積95萬元，盈余公積37.50萬元，未分配利潤337.50萬元，合計2070萬元。
2014年11月，經全體發起人簽署《甲科技股份有限公司（籌）發起人協議》及擬設立股份公司章程的規定，注冊資本由人民幣1600萬元，增加至人民幣1900萬元，其中用盈余公積、未分配利潤轉增資本300萬元，并依法代扣個人所得稅。折合股份總數1900萬股。
B股東轉增資本會計處理如下：
按B股東持有甲公司實收資本1.08%的份額，用盈余公積、未分配利潤轉增資本，甲公司代扣個人所得稅=（37.50 337.50）×1.08%×20%=0.81（萬元）。會計處理：
借：盈余公積 0.405 （37.50×1.08%）
利潤分配 3.645 （337.50×1.08%）
貸：實收資本 3.24
應交稅費 0.81
轉增資本后，B股東持有甲公司股份數量=17.28 3.24=1900×1.08%=20.52（萬股）。
2015年4月，甲公司股票在全國股份轉讓系統公開轉讓。
2016年6月，甲公司與國內乙上市公司簽訂股份轉讓協議。甲公司部分股東以其持有的股份轉讓給乙公司，轉讓股份總數5692716股，每股轉讓價格16元，合計9108.35萬元。其中B股東轉讓股份68400股，轉讓價格=68400×16=109.44（萬元）。甲公司對B股東轉讓股份的賬務處理：
借：股本——B股東 6.84
貸：股本——乙公司 6.84
假設不考慮B股東取得股權、轉讓股份交易中應交的印花稅和手續費。B股東自行計算應繳納個人所得稅=(1094400-68400×1)×20%=20.52（萬元）。
審計人員認為，B股東計算的應繳納個人所得稅不正確。其政策依據是《國家稅務總局關于發布股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》的公告》（國家稅務總局公告2014年第67號）。文件第十五條第（一）款和第（四）款規定，以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認原值。被投資企業以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值。文件第十八條規定，對個人多次取得同一被投資企業股權的，轉讓部分股權時，采用“加權平均法”確定其股權原值。
B股東以100萬元價格從原股東A取得1.08%的股權，其計稅成本1000000元，相對應份額=1600×1.08%=172800（股）。
通過盈余積累轉增資本，B股東取得股份的計稅成本=4050 36450=40500（元），相對應股份數量=300萬×1.08%=32400（股）。
B股東持有股份計稅成本總額=1000000 40500=1040500（元）。
B股東在轉讓前實際持有甲公司股份數量=172800 32400=205200（股）。
每股計稅成本=1040500÷205200=5.07（元）。
本次轉讓股份數量68400股，計稅成本=68400×5.07=346788（元）。
綜上所述，B股東本次轉讓股份應繳納個人所得稅=（股權轉讓收入-股權原值-合理費用）×20%=（1094400-346788）×20%=747612×20%=149522.40（元）。
B股東以后再轉讓該股份的每股計稅成本仍為5.07元。
