假設2017年度甲企業全部應納稅所得額1000萬元，甲企業總分機構應納稅額計算如下（假設不考慮已預繳稅款）：
①分支機構A分攤比例=（400／1000）×0.35 （100／250）×0.35 （1000／3000）×0.30=38%；
分支機構B分攤比例=（600／1000）×0.35 （150／250）×0.35 （2000／3000）×0.30=62%；
②總機構應納稅所得額=1000×50%=500萬元；
分支機構A應納稅所得額=1000×50%×38%=190萬元；
分支機構B應納稅所得額=1000×50%×62%=310萬元。
③總機構應納所得稅額=500×25%=125萬元，其中：
分支機構A應納所得稅額=190×15%=28.5萬元；
分支機構B應納所得稅額=310×25%=77.5萬元；
合計應納所得稅=125 28.5 77.5=231萬元。
④再分配：
總機構應納所得稅額=231×50%=115.5萬元；
分支機構A應納所得稅額=231×50%×38%=43.89萬元；
分支機構B應納所得稅額=231×50%×62%=71.61萬元。
（三）稅款預繳
匯總納稅企業根據當期實際利潤額，按照上述分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳；在規定期限內按實際利潤額預繳有困難的，也可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，按照上述分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳。預繳方法一經確定，當年度不得變更。
（四）匯總清算
匯總納稅企業應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照上述分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
匯總納稅企業如果存在境外所得需要補繳企業所得稅的，境外所得補繳的所得稅直接在總機構繳納，不參與分攤計算。
（五）資產損失申報扣除
匯總納稅企業發生的資產損失，應按以下規定申報扣除：
1.總機構及二級分支機構發生的資產損失，除應按專項申報和清單申報的有關規定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構還應同時上報總機構；三級及以下分支機構發生的資產損失不需向所在地主管稅務機關申報，應并入二級分支機構，由二級分支機構統一申報。
2.總機構對各分支機構上報的資產損失，除稅務機關另有規定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
3.總機構將分支機構所屬資產捆綁打包轉讓所發生的資產損失，由總機構向所在地主管稅務機關專項申報。
（六）跨地區建筑項目部
建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
二、申報表填報要點
匯總納稅企業預繳申報時，總機構報送企業所得稅預繳申報表、企業當期財務報表、匯總納稅企業分支機構所得稅分配表和各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）；分支機構報送企業所得稅預繳申報表（填列第30行“分支機構分攤所得稅額”、第32行“分支機構--分配比例”、第33行“分支機構--分配所得稅額”），經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表。
匯算清繳時，總機構報送企業所得稅年度納稅申報表、年度財務報表、匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、各分支機構的年度財務報表、各分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明；分支機構報送企業所得稅預繳申報表（進行年度申報）、經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）、分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明。
在年度匯算清繳時，總機構主要關注A109000《跨地區經營匯總納稅企業年度分攤企業所得稅明細表》、A109010《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》，關注以下行次：
1.A109010表“總機構分攤所得稅額”：對于跨省（自治區、直轄市、計劃單列市）經營匯總納稅企業，填報企業本年應補（退）所得稅額×25%后的金額；對于同一省（自治區、直轄市、計劃單列市）內跨地區經營匯總納稅企業，填報企業本年應補（退）所得稅額×規定比例后的金額。
2.A109010表“總機構財政集中分配所得稅額”：對于跨省（自治區、直轄市、計劃單列市）經營匯總納稅企業，填報企業本年應補（退）所得稅額×25%后的金額；對于同一省（自治區、直轄市、計劃單列市）內跨地區經營匯總納稅企業，填報企業本年應補（退）所得稅額×規定比例后的金額。
3.A109010表“分支機構分攤所得稅額”：對于跨省（自治區、直轄市、計劃單列市）經營匯總納稅企業，填報企業本年應補（退）的所得稅額×50%后的金額；對于同一省（自治區、直轄市、計劃單列市）內跨地區經營匯總納稅企業，填報企業本年應補（退）所得稅額×規定比例后的金額。
三、示例
甲企業在異地省份設有分支機構B，總機構、分支機構B企業所得稅稅率均為25%，甲企業生產經營職能的部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算，可視為一個獨立的二級分支機構（以下稱總機構主體生產經營部門），甲公司2017年度經納稅調整后應納稅所得額為3000萬元，經計算，總機構主體生產經營部門分配比例為45%，分支機構B分配比例為55%。已知，總機構2017年度已分攤預繳企業所得稅391.5萬元（含總機構主體生產經營部門121.5萬元），分支機構B已分攤預繳企業所得稅148.5萬元。假設甲企業2017年度無境外所得，總分機構應納稅額計算及申報表填報如下：
（一）計算過程
1.甲企業匯總納稅應納所得稅額=3000×25%=750萬元；
2.甲企業應補繳企業所得稅額=750-270-121.5-148.5=210萬元。
3.總機構分攤所得稅額＝210×25%=52.5萬元；
總機構財政集中分配所得稅額＝210×25%=52.5萬元；
4.分支機構分攤所得稅額＝210×50%=105萬元，其中：
總機構主體生產經營部門分攤所得稅額＝105×45%=47.25萬元；
分支機構B分攤所得稅額＝105×55%=57.75萬元。
5.總機構本年應補（退）所得稅額=總機構應分攤所得稅 總機構財政集中分攤所得稅 總機構主體生產經營部門分攤所得稅=52.5 52.5 47.25=152.25萬元。
（二）申報表填報
A109000表
A109010表
