按照稅法規定，增值稅分為一般納稅人和小規模納稅人，兩類納稅人的管理和征稅方式差異較大。
審查方法：
一、是通過分析中國稅收征管信息系統（CTAIS）中的小規模納稅人稅務登記和申報征收數據，從中篩選年應稅銷售額超過稅法規定小規模納稅人認定標準的企業情況，包括企業年應稅銷售額、行業類型和已繳納增值稅額等內容。
二、是將上述篩選結果交由稅務部門逐一核實，并重點關注稅務部門核實結果與篩選結果有差異的企業，以及這些企業在超過一般納稅人標準后，稅務機關是否按規定時間下達了稅務事項通知書，是否及時督促企業辦理相關認定手續。三是根據稅務部門的核實結果，按照稅法規定計算企業少繳稅款的具體金額，并確定相關稅務人員的責任。
銷項和進項稅額的申報環節
1.銷售收入的確認是否真實、準確和及時
審查方法：
一、是審查納稅人申報的銷售收入金額是否完整，是否包含了在銷售時向購買方收取的包裝費、包裝物押金、手續費、獎勵費、返還利潤等各種性質的價外費用；是否存在通過設置“賬外賬”等方式，隱匿購銷中的現金交易，達到偷逃稅款的目的。
二、是審查納稅人是否按照稅法規定，以“貨物發出或移送”“收到銷售款”“取得索取銷售款憑據”或“合同約定”等標準，及時確認應稅銷售收入；是否存在通過“壓票”、收入掛往來科目等方式人為少計收入，少繳稅款的問題。
2.視同銷售行為是否準確計算和繳納稅款
審查方法：
一、是審核委托代銷和受托代銷貨物行為是否足額申報銷項稅額，是否存在按扣除手續費后的余額計稅，或直接掛往來科目不計收入的問題。
二、是審核是否將不在同一地區的總分機構間調撥貨物作為銷售處理，是否計提了銷項稅額。
三、是審核企業將自產、委托加工的貨物用于職工福利、個人消費、投資入股以及捐贈等非應稅項目后，是否及時足額計提了銷項稅額；是否存在直接成本對轉，不計銷售收入，或僅按貨物成本價格核算，未按規定視同銷售，導致少計稅款的問題。
四、是審核企業將外購的貨物用于對外投資、捐贈等項目時，是否按規定視同銷售并計提銷項稅額，是否存在錯誤使用進項稅額轉出的問題。
3.兼營的非應稅項目收入是否準確核算和申報納稅
一、些大型綜合性業務企業不按規定對正常銷售業務和兼營的非應稅項目進行準確核算，并將銷售貨物的銷售額混入非應稅項目的銷售額中計繳營業稅，從而少繳稅款。
審查方法：
一、是通過調閱企業經營業務合同，掌握銷售業務和兼營的非應稅業務的總體情況；
二、是查閱“其他業務收入”等核算非應稅項目收入的明細賬，重點關注其中貸方發生額較大、摘要記錄異常的業務，通過審查相關憑證，進一步核實企業是否存在將正常銷售業務混入非應稅項目中核算，少繳稅款的問題。
4.非應稅項目的進項稅額是否轉出
進項稅額是納稅人當期應繳納稅額的抵扣項，但是按照稅法規定，納稅人用于非應稅項目的進項稅額即使取得了增值稅專用發票也不得抵扣，需要做進項稅額轉出處理。
審查方法：
一、是以企業“營業外支出”和“待處理財產損益”明細賬為基礎，審核企業是否存在發生原材料盤虧和非正常損失后，只按成本結轉到“營業外支出”科目中，不相應轉出進項稅額的問題。
二、是以“應付福利費”“原材料”“包裝物”和“低值易耗品”等科目為基礎，并與進項稅額轉出明細賬進行核對，核實企業是否存在將外購貨物用于集體福利和個人消費等不按規定轉出進項稅額的問題。
稅率適用環節
稅率是計算增值稅稅額的尺度。現行稅法根據貨物、勞務的不同類型，分別設置了17%、13%、11%、6%等多個增值稅稅率，由于各稅率之間差距較大，因此納稅人通過混淆收入類型、適用較低稅率少繳稅款的問題比較常見。
1.是否按規定分別核算不同稅率的貨物
審查方法：
一、是掌握企業生產經營的產品類型，了解各類產品是否適用不同的稅率。
二、是通過查閱企業“主營業務收入”明細賬，核實企業是否存在未按規定將不同稅率的產品銷售收入分別記賬、單獨核算，并按照低稅率計算繳納稅款的問題。
三、是根據企業“主營業務收入”“應交增值稅”明細賬和相關憑證，重點審查金額較大的銷售業務對應的產品類型及適用稅率，核實是否存在將高稅率產品銷售收入混入低稅率產品銷售收入中計繳稅款的問題。
2.實施“營改增”后，是否將產品銷售收入混入技術服務費等服務收入中少繳稅款
審查方法：
一、是調閱企業產品銷售合同、協議，掌握其中技術服務和售后服務的相關條款內容，掌握一般產品銷售收入與技術服務費、售后服務費等服務的收入規模、結構和差別。
二、是以納稅申報表為依據，結合“主營業務收入”“其他業務收入”明細賬，檢查銷售行為申報銷項稅額的收入額是否完整、準確，重點關注有無將一般產品銷售收入混入技術服務費、售后服務費等收入列入“其他業務收入”中核算，使用低稅率少繳稅款的問題。
增值稅發票的使用環節
１.增值稅發票的開具和使用是否符合相關規定
審查方法：
一、是檢查納稅人在使用增值稅防偽稅控系統開具專用發票和普通發票時是否嚴格規范，特別是專用發票所附“銷售貨物或者提供應稅勞務清單”的開具是否嚴格按規定使用了防偽稅控系統，重點審查納稅人是否存在利用防偽稅控系統管理漏洞，通過偽造“銷售貨物或者提供應稅勞務清單”虛開增值稅專用發票的問題。
二、是審核一般納稅人是否按規定使用增值稅專用發票，是否在零售消費品、向小規模納稅人銷售貨物和銷售免稅貨物時也違規開具專用發票。
２.發票的開具是否與真實購銷業務一致
審查方法：
一、是關注貨物流的真實性，在分析稅務機關和企業申報納稅的相關數據資料并鎖定初步疑點的基礎上，應采取突擊方法全面取得企業真實的進、銷、存業務資料和數據，對比分析企業財務核算購銷與納稅申報的差異，審查納稅人發票的開具是否基于真實的業務往來。
二、是關注資金流的真實性，通過調閱購銷雙方企業的資金和往來賬戶等相關財務資料，審核購銷雙方資金支付的真實性，查看是否存在以虛假票據付款或先支付后回流等虛假付款的問題。
三、是重點關注發票中的購銷雙方與資金流向、貨物（勞務）流向的對應關系不完全一致的問題，核實納稅人是否存在“真票假業務”等虛開、套開增值稅專用發票或普通發票的問題。
３.農產品收購發票等特殊票據的使用是否規范
審查方法：
一是通過“原材料”“應付賬款”等明細賬及購入原材料有關的原始憑證，掌握原材料購進情況。
二是將合同、原材料臺賬與財務部門數據及結算情況進行對比分析，審核農產品收購發票的開具數量與其經營規模是否協調一致，是否存在收購農產品的內容和規模超過企業生產能力等違反“常識”的情況。
三是通過延伸調查原料采購地、貨物承運單位等，核實企業購進農產品業務的真實性。
