財政部、國家稅務總局《關于基本養老保險費基本醫療保險費失業保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）第一條規定，企事業單位按照國家或省（自治區、直轄市）人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，免征個人所得稅。企事業單位和個人超過規定的比例和標準繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。因此，企業按規定標準繳納的基本養老保險等不繳稅。
財稅[2006]10號第二條規定，單位和個人分別在不超過職工本人上一年度月平均工資12%的幅度內，其實際繳存的住房公積金，允許在個人應納稅所得額中扣除。單位和個人超過上述規定比例和標準繳付的住房公積金，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。因此單位和個人按規定標準繳納的住房公積金也可以在工資、薪金中扣除。
例一，今年１月，季某工資7000元，基本養老保險繳費2200元，其中企業繳費1600元，個人繳費600元；個人繳納基本醫療保險、失業保險和公積金等計400元（假如上述企業和個人繳費均符合規定標準）。企業建立了年金制度，季某年金需繳費2000元，其中企業繳費1500，個人繳費500元，應繳費用已由企業代扣代繳并已繳存到指定賬戶。
根據上述規定，基本養老保險中企業繳費1600元，季某不需繳稅；而年金企業繳費1500元，季某應納稅45元（1500×3％）。
（二）個人繳費部分，企業年金要納稅而基本養老保險等不超規定部分不納稅
國稅函[2009]694號第一條規定，企業年金的個人繳費部分，不得在個人當月工資、薪金計算個人所得稅時扣除。因此企業年金中個人繳費部分要納稅。
財稅[2006]10號第一條規定，個人按照國家或省（自治區、直轄市）人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除。企事業單位和個人超過規定的比例和標準繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。
續例一，季某個人繳納的基本養老保險600元、基本醫療保險、失業保險和公積金等計400元，由于均沒有超過規定標準，可以在季某當月工資、薪金中扣除。企業年金個人繳費500元,不得在當月工資、薪金計算個人所得稅時扣除，因此，季某應納稅145元〔（7000-600-400-3500）×10%-105〕。
綜上所述，季某今年１月應申報繳納個人所得稅為元190（45 145）。經企業代扣代繳后，季某實際到手的工資為5310元（7000-600-400-500-190）。
二、企業年金與商業保險的差異
企業年金與商業保險的相同點在于，二者都是國家規定的強制實施的基本養老金之外的補充保險，都需要全額并入當月個人工資、薪金所得計算繳納個人所得稅，但計算方法不同。
（一）商業保險與個人當月工資薪金所得合并適用稅率
財政部、國家稅務總局《關于個人所得稅有關問題的批復》（財稅[2005]94號）第一條規定，企業為職工購買商業性補充保險，應在辦理投保手續時作為個人所得稅的“工資、薪金所得”項目，按稅法規定繳納個人所得稅。
例二，今年１月，季某工資7000元，扣除個人實際繳納的基本養老保險600元；基本醫療保險費和失業保險費、公積金等計400元（均符合規定標準）后余6000元，假如企業不實行年金計劃而是為季某辦理商業保險，并已向保險公司繳納費2000元，其中企業繳費1500元，個人繳費５00元，已由企業代扣代繳。則季某應納稅295元〔（6000 1500-3500)×10%-105〕。
（二）企業年金企業繳費部分單獨適用稅率
根據國稅函[2009]694號第二條規定，季某年金企業繳費部分1500元，單獨適用稅率。
續例一，季某今年１月應納稅190元〔（7000-600-400-3500）×10％-105 （1500×3％）〕。
由此可見，同樣的應稅金額不同的算法，企業年金比商業保險節稅105元（295-190）。稅法規定企業年金計稅時的特殊算法，體現了國家鼓勵企業建立年金制度。
