申請增值稅即征即退的嵌入式軟件應按照《深圳市軟件產品增值稅即征即退工作指引》中有關規定，進行會計核算、開具發票、納稅申報、申請退稅和接受主管稅務機關的退稅審核。具體明確如下：
一、嵌入式軟件所涉及產品的成本核算。由于嵌入式軟件一般與計算機硬件、機器設備（以下簡稱：硬件部分）等一起銷售，銷售時從貨物的實物形態上不可分割，因此，納稅人在會計處理時，應區分軟件、硬件部分，分別依其生產成本的產生和歸集，設置相應的會計科目和專欄，并按規范的會計流程進行核算，最后形成相應的分類帳，總括反映不同軟件、硬件的生產成本情況。對于軟件品種、規格眾多的納稅人，可以適當分類反映。軟件（硬件）產品的生產成本具體包括直接材料、直接人工、制造費用三個部分。
（一）直接材料，即原材料。指直接用于產品生產、構成產品實體的原料、主要材料以及有助于產品形成的輔助材料。主要包括：原材料或主要材料、輔助材料、外購半成品、燃料、包裝物以及其他材料。
（二）直接人工，即生產工資及福利費。指直接參加產品生產的員工的工資、獎金、津貼、補貼及按規定計題的福利費等。
（三）制造費用。指直接或間接用于產品生產，但又不便于直接計入產品成本，以及沒有專設成本項目的各項費用。主要包括：生產單位管理人員的工資及福利費、辦公費、差旅費、生產用固定資產的折舊費、機器設備的修理費、水電費、運輸費、勞動保護費、季節性及修理期間的停工損失等。
上述軟件、硬件的生產成本的核算必須符合現行會計基本準則和具體準則，計算和分配方法應適當和科學，反映的成本信息真實可靠、內容完整。
二、成本利潤率的確定和銷售額的核算。
根據《財政部國家稅務總局關于嵌入式軟件增值稅政策的通知》（財稅[2008]92號），當期嵌入式軟件銷售額＝當期嵌入式軟件與計算機硬件、機器設備銷售額合計－〔當期計算機硬件、機器設備成本×（1＋當期成本利潤率）〕。因此，當期成本利潤率=（銷售額—生產成本）/生產成本，在核算嵌入式軟件銷售額前首先確定硬件成本利潤率，納稅人確定的硬件成本利潤率應符合以下要求：
（一）符合納稅人的產品定價標準。
（二）按月確定銷售同一或同一類產品的綜合硬件成本利潤率。
（三）（銷售額—生產成本）的部分應包括應劃分的其他成本費用、利潤等項目。
（四）所確定的硬件成本利潤率應根據不同類別產品和不同時期的產品的收入、成本情況的變化和企業整體利潤或毛利水平的變動作出適當和及時的調整。
納稅人按上述方式確定銷售額后，對嵌入式軟件所涉及的產品，分軟件、硬件部分設置專欄分別反映銷售額。
三、銷售嵌入式軟件所涉及產品開具發票時，應分別載明軟件、硬件部分的銷售額；不能在發票上載明的，應在發票備注欄以及發票清單中載明。
四、納稅人申報增值稅時，應按照《深圳市軟件產品增值稅即征即退工作指引》的要求，分別填報軟件、硬件的相關項目。
五、對于《深圳市軟件產品增值稅即征即退工作指引》下發前銷售的嵌入式軟件，如符合《財政部國家稅務總局關于嵌入式軟件增值稅政策的通知》（財稅[2008]92號）有關享受優惠的規定，并能按照《深圳市軟件產品增值稅即征即退工作指引》中有關規定進行會計核算、開具發票和提供申請資料的，主管稅務機關應按規定受理其退稅申請。部分納稅人申報納稅時未按規定分別填報軟件、硬件的相關項目的，不需更正申報，以其軟件、硬件合并申報項目的納稅申報資料作為其申請和辦理增值稅即征即退的依據。
