盡管稅前扣除是重中之重，但如果收入確認的計算出現問題，匯算清繳中企業所得稅的計算同樣會不正確，產生稅務風險。在收入確認中，納稅人須注意如下常見問題：
1.企業取得的各種收入是否分別按照權責發生制等原則加以確認
2.是否存在視同銷售行為未作納稅調整
3.企業資產評估增值是否并入應納稅所得額
4.是否存在利用往來賬戶延遲實現應稅收入或調整企業利潤
據了解，從2013年起，許多地方的稅務機關對于境內企業的關聯交易也投入了很大的關注，特別是有些集團劃分成本中心和利潤中心。當集團內高新技術企業或軟件企業有優惠政策，集團會將收入和利潤向這些企業傾斜，從而造成稅收的減少和稅負的規避。
5.取得非貨幣性資產收入或權益是否計入應納稅所得額
6.是否存在各種減免流轉稅及各項補貼、收到政府獎勵未計入應納稅所得額
7.是否存在接受捐贈的貨幣及非貨幣資產，未計入應納稅所得額
8.企業從境外被投資企業取得的所得是否未并入當期應納稅所得計稅
例如受控外國公司，即企業在香港、英屬維爾京群島（BVI）等地注冊的殼公司，所有的經營管理都是在國內進行，被中國企業所控制，它取得的相關收入應計入居民企業當期納稅所得額。
9.持有上市公司限售股，解禁之后出售取得的收入是否未計入應納稅所得額。
10.從上市公司分回股息時持股時間不滿12個月是否納稅
11.非居民所得支付企業是否正確代扣代繳源泉扣繳所得稅
為了更好的理解收入確認問題，我們下面來看幾個案例。
案例一：預收賬款收入確認
2010年3月，A公司收到B公司采購化工原料的訂金1000萬元，會計掛預收賬款科目，直至年底，B公司沒有開出采購訂單，該1000萬元是否確認為收入？直至2013年3月，B公司三年既未采購原料也未要求退還訂金，此時是否應確認訂金為收入？2014年1月，B公司終止營業并辦理工商注銷，且清算過程中未向A公司提出退回訂金，則此時A公司取得的該訂金是否應該確認為收入？
解析：
在2010年，國家支持民營企業進入某些行業，當時國有企業和民營企業的合作后，其合資的公司向A公司采購原材料，在一段時間之后，出現民營企業的股東撤資，但是由于相關手續沒有辦理，與供應商相關的交易出現斷裂，只有等著合資公司最終被注銷。A公司收到1000萬元款項，B公司在該年度內未采購商品，這是預收賬款，屬于企業負債，如果B公司下單采購則要沖抵貨款，如果取消采購則應退還。所以不能確認為收入。
此1000萬元預收賬款，只要沒有轉為采購款也沒有退還對方，不論時間多久，都不能改變其債務的本質，所以三年的時間刻度并不是確認其是否作為收入的標準。在公司注銷后仍未進行采購也未要求退款，則該訂金構成了確實無法償付的應付款項，應于B公司注銷年底確認為營業外收入。
案例二：收取上級工會返還的工會經費
某公司繳納工會經費后，市總工會將上繳工會經費的60%將返還繳費公司工會，用于服務廣大職工。
解析：
上級工會返還的工會經費，其所有權在工會，不屬于企業的收入，所以正常情況下應該是返還給工會而非公司。但在一些地方，依然有直接返還給企業的。此時，該款項屬于代收的負債，公司全額返還給工會后屬于代付，不涉及收入確認的問題。
實踐中，有些公司收到工會經費，統一由公司核算，并用于工會的開支，這樣就把工會的經費變成了企業的經費，把返還的經費變成了企業的收入，把工會的支出變成了企業的支出。這就會涉及所得稅事項，在收到經費時需要確認收入。部分地區稅務局將企業工會是否開立單獨的工會賬戶作為判定標準。
案例三：按年度確認收入
房地產開發企業在建造房屋時往往需要很多年再出售給個人消費者。開發企業的主管稅務局要求企業每年按照完工百分比確認其收入，這樣的要求合理嗎？某香港的房地產集團來大陸投資，與中國本土企業一起設立合資企業進行開發。香港集團往往會在中國設立地區總部，地區總部每年會向合資企業提供管理服務，包括信息收集、合同管理、法律支持等，并收取相應的服務費用。合資公司往往會照顧本土投資方，等到整個項目完成，房產出售獲得盈利之后再支付管理服務費。中國總部的主管稅務局要求該地區總部按年度進行收入確認。房地產開發企業的主管稅務局的要求合理嗎？地區總部的主管稅務局的要求合理嗎？
解析：
對于房地產開發企業，由于其在建造期間完全是沒有收入的，如果按照完工百分比確認收入并繳稅，將是一個非常驚人的金額。從稅法角度也是沒有依據的，企業沒有資金，不可能借債付稅，不符合納稅能力原則。對于地區總部常年提供勞務，即使與合資公司簽訂合同約定在三年或五年之后再行支付費用，稅務局也可以要求其按年度確認收入。由于這是一個關聯企業之間的業務，稅務機關會考慮這種遞延支付是不是一個遞延納稅義務的手段，因為稅款也是有時間價值的。 |
