）
原告：韶關市盈錦置業有限公司。
法定代表人：朱忠明。
委托代理人：袁志強，廣東天行健律師事務所律師。
委托代理人：劉丹丹，廣東天行健律師事務所實習律師。
被告：廣東省仁化縣地方稅務局。
法定代表人：朱偉東，局長。
委托代理人：葉緯，廣東宜方律師事務所律師。
委托代理人：黃新梅，廣東省仁化縣地方稅務局科員。
原告韶關市盈錦置業有限公司不服被告廣東省仁化縣地方稅務局作出的仁地稅處[2013]2號《仁化縣地方稅務局稅務處理決定書》稅務行政管理一案，于2014年6月25日向本院提起行政訴訟。本院于2014年7月1日受理后，于2014年7月2日向被告送達了起訴狀副本及應訴通知書。本院依法組成合議庭，于2014年8月6日公開開庭審理了本案。原告韶關市盈錦置業有限公司的委托代理人袁志強、劉丹丹，被告廣東省仁化縣地方稅務局的委托代理人葉緯、黃新梅到庭參加訴訟。本案現已審理終結。
被告廣東省仁化縣地方稅務局于2014年1月9日作出仁地稅處[2013]2號《仁化縣地方稅務局稅務處理決定書》，認定原告:
1、2011年3月銷售14間商鋪，面積合計667.24平方米，申報的計稅價格為10,018.00元/平方米，申報計稅價格明顯低于同期同類商鋪平均售價。
2、拆除廣東省韶關市汽運集團有限公司一樓商鋪面積981.86平方米，回遷面積為992.76平方米，只對超面積部分10.90平方米在2012年11月按拆遷協議價650元/平方米申報納稅，回遷面積未按規定申報納稅。
3、拆除廣東省韶關市汽運集團有限公司二樓商鋪面積758.97平方米，回遷面積為858.84平方米，只對超面積部分99.87平方米在2012年11月按拆遷協議價650元/平方米申報納稅，回遷面積未按規定申報納稅。根據《中華人民共和國營業稅暫行條例》第一條、第二條第一款、第五條、《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第五條、第二十條;《中華人民共和國城市維護建設稅暫行條例》第二條、第三條、第四條；《征收教育費附加的暫行規定》第二條、《國務院關于修改〈征收教育費附加的暫行規定〉的決定》（國務院令第448號）；《廣東省地方教育附加征收使用管理暫行辦法》第六條、第七條；《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第二條、《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十六條；《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條、第三十五條、《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》第四十七條規定，處理決定如下：補繳2011年3月銷售14間商鋪調整計稅價格后應繳營業稅372,805.67元、城市維護建設稅18,640.28元、教育費附加11,184.17元、地方教育附加7,456.11元、土地增值稅149,122.26元，合計559,208.49元。并從滯納稅款之日起按日加收萬分之五的滯納金，滯納金為221,362.68元。補繳2012年11月對被拆遷房產以產權置換視同銷售應繳營業稅1,054,502.81元、城市維護建設稅52,725.14元、教育費附加31,635.08元、地方教育附加21,090.06元、土地增值稅843,602.25元，合計2,003,555.34元。并從滯納稅款之日起按日加收萬分之五的滯納金，滯納金為204,837.18元。以上應繳款項共計2988963.69元（大寫：貳佰玖拾捌萬捌仟玖佰陸拾叁元陸角玖分）。
被告廣東省仁化縣地方稅務局于2014年7月14日向本院提交了被訴具體行政行為的證據、依據：
1、《組織機構代碼證》復印件，用以證明被告的訴訟主體資格；
2、《關于重新印發韶關等市縣（區）地方稅務局職能配置、內設機構和人員編制規定的通知》（粵機編辦[2008]27號）復印件，用以證明被告有進行稅務處理的職權；
3、盈錦公司《企業法人營業執照（副本）》、《稅務登記證（副本）》復印件，用以證明原告的經營、納稅主體資格；
4、韶關市地方稅務局稽查局《關于下發專項檢查督辦企業名單的通知》（韶地稅函[2013]8號）及名單、《稅務稽查立案審批表》、《仁化縣地方稅務局稽查局稅務檢查通知書》（仁地稅稽檢通一[2013]3號）、《稅務文書送達回證》復印件，用以證明2013年7月15日，仁化縣地方稅務局稽查局（以下簡稱稽查局）對盈錦公司進行稅收專項檢查立案（檢查所屬期間：2011年1月1日至2012年12月31日）；
5、14間商鋪的《廣東省商品房買賣合同》、《廣東省地方稅收納稅申報表（綜合）》、銷售14間商鋪的《稅收通用發票》、電子發票記賬清單、《稅收電子轉賬專用完稅證》復印件，用以證明盈錦公司2011年3月銷售14間商鋪(H棟一樓8間、J棟一樓6間），面積合計667.24平方米，銷售單價為10,018.00元/平方米；
6、《仁化汽車站土地置換及房屋拆遷補償合同》、《國有土地使用權出讓合同》、廣東省地方稅收納稅申報表（綜合）、《稅收電子轉賬專用完稅證》復印件，用以證明盈錦公司2012年度拆除廣東省韶關市汽運集團有限公司一樓商鋪面積981.86平方米，回遷面積為992.76平方米。盈錦公司按拆遷協議價650元/平方申報10.90平方米面積營業額，剩余981.86平方米面積未申報營業額；
7、《仁化汽車站土地置換及房屋拆遷補償合同》、《國有土地使用權出讓合同》、廣東省地方稅收納稅申報表（綜合）、《稅收電子轉賬專用完稅證》（見證據六）復印件，用以證明盈錦公司2012年度拆除廣東省韶關市汽運集團有限公司二樓商鋪面積758.97平方米，回遷面積為858.84平方米。盈錦公司按拆遷協議價650元/平方申報99.87平方米面積營業額，剩余758.97平方米面積未申報營業額；8、盈錦公司銷售14間商鋪的《稅收通用發票》（見證據五）、韶關市盈錦置業有限公司售房《交易信息登記表》、盈錦公司2011年2月銷售5間同類商鋪的《商品房買賣合同》和《稅收通用發票》、《仁化汽車站土地置換及房屋拆遷補償合同》、2012年經營收入分類賬（確認車站回遷房面積差部分收入）、《轉賬憑證》及《丹霞城市商業步行街、新車站回遷房面積差異明細表》、盈錦公司2011年3月銷售二樓商鋪、6月銷售一樓商鋪的《稅收通用發票》（3份）復印件，用以證明2013年9月3日，稽查局取得盈錦公司銷售14間商鋪的相關文書材料；
