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自然人股權轉讓的應納稅額=（股權轉讓收入-股權原值-合理費用）*20%，之前的文章中對“股權轉讓收入”進行了詳細的分析，詳見“自然人股權轉讓個人所得稅之“股權轉讓收入”分析，本文就“股權轉讓原值”的相關問題進行分析。
一、股權轉讓原值確認的基本方法
（一）以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；（二）以非貨幣性資產出資方式取得的股權，按照稅務機關認可或核定的投資入股時非貨幣性資產價格與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；（三）通過無償讓渡方式取得股權，具備本辦法第十三條第二項所列情形的，按取得股權發生的合理稅費與原持有人的股權原值之和確認股權原值；（四）被投資企業以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值。（五）除上述情形外，由主管稅務機關按照避免重復征收個人所得稅的原則合理確認股權原值。
實務舉例：王某持有A公司20%的股權，初始投資成本為400萬，2017年年底A公司凈資產2000萬，王某2018年1月將自己的股權以1元的價格轉讓給自己兒子小王，小王取得A公司20%的股權后，2018年10月，王某以2200萬的價格將股權轉讓給張某。
本例中，雖然王某以1元的價格將其持有的A公司20%的股權轉讓給小王，但因小王是王某的兒子，稅務機關不必核定股權轉讓收入征收個人所得稅。
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法》第十三條符合下列條件之一的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：（二）繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人。
本著不重復征稅的原則，股權原值應為王某投資成本400萬元，因此，小王在本次股權轉讓中應當繳納的個人所得稅=（2200-400）*20%=360萬元。
二、再次轉讓股權原值的確定
（一）受讓人再次轉讓股權原值的確定
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法》第十六條規定自2015年1月1日起股權轉讓人已被主管稅務機關核定股權轉讓收入并依法征收個人所得稅的，該股權受讓人的股權原值以取得股權時發生的合理稅費與股權轉讓人被主管稅務機關核定的股權轉讓收入之和確認。
實務舉例：李某持有甲公司50%的股權，投資成本為500萬，2018年5月，李某將其持有的股權轉讓給張某，稅務機關按照凈資產和定法，核定股權轉讓收入為1500萬，張某按照稅務機關的核定代扣代繳了個人所得稅200萬元。2018年10月，張某再次轉讓給股權，轉讓價格為1600萬。
本例中，張某應當繳納的個人所得稅為（1600-1500）*20%=20萬元。
案例延伸：若上述交易發生在2014年，按照國家稅務總局2010年27號公告第四條的規定（納稅人再次轉讓所受讓的股權的，股權轉讓的成本為前次轉讓的交易價格及買方負擔的相關稅費），張某應繳納的個人所得稅為（1600-500）*20%=220萬元。此時，1000萬元的增值所得被征收了兩次個人所得稅，造成了重復納稅。
（二）盈余公積轉增股本后轉讓股權原值的確定
國家稅務總局2013年第23號公告對于盈余累計向個人投資者轉增股本個人所得稅的問題進行了區分處理，本文就兩種情形中的其中一種情形舉例說明：
新股東以不低于凈資產價格收購股權的，企業原盈余積累已全部計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增股本的部分，不征收個人所得稅。
趙某持有甲公司100%股權，2017年3月，趙某將其持有的家公司100%的股權以2250萬元的價格轉讓給孫某，轉讓時家公司凈資產為2000萬元（股本500萬元，未分配利潤1000萬元，盈余公積250萬元，資本公積-其他資本公積250萬元），2017年9月，孫某將1375（未分配利潤1000萬元，盈余公積125萬元，資本公積-其他資本公積250萬元）轉增股本，轉增股本后，甲公司股本為1875萬元。2018年5月，孫某將甲公司100%股權轉讓給錢某，轉讓價格為2400萬。
趙某應繳納的個人所得稅=（2750-1000）*20%=350萬元。
孫某應繳納的個人所得稅=（2400-2250）*20%=30萬元。
三、加權平均法確定股權原值
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法》第十八條規定對個人多次取得同一被投資企業股權的，轉讓部分股權時，采用“加權平均法”確定其股權原值。
陳某2016年以200萬元價格投資B公司，持有B公司10%的股權，2017年又投資300萬取得B公司10%的股權，2018年又投資400萬元取得B公司30%的股權。2019年陳某將其持有的10%的股權轉讓給李某，轉讓價格為600萬元。根據加權平均法，股權原值為（200+300+400）/0.3*0.1=300萬元。
陳某應繳納個人所得稅=（600-300）*20%=60萬。
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