2009年，重慶市國稅局公布了一個境外企業向境內企業轉讓股權而被征收預提所得稅的案例，應引起在中國有投資業務的境外企業包括臺商的注意。
基本案情：2008年5月，渝中區國稅局兩路口稅務所通過合同登記備案發現重慶A公司與境外B公司簽署了一份股權轉讓協議，境外B公司將其在境外設立的全資控股公司C公司100%的股權轉讓給重慶A公司，轉讓價格為人民幣6338萬元，股權轉讓收益900多萬元。從表面上看，該項股權轉讓交易的目標公司C公司為境外企業，股權轉讓收益并非來源于中國境內，我國沒有征稅權。但出于維護國家稅收權益的高度責任感和敏銳性，渝中區國稅局沒有就此止步，在繼續開展調查分析的同時，及時向市局匯報了相關情況。通過進一步調查核實，目標公司C公司實收資本僅為100境外元，該公司持有重慶D公司31.6%的股權，除此之外沒有從事其他任何經營活動。
那么，境外B公司獲得的轉讓股權所得是否影響中國政府繳納企業所得稅？
一、通常情況下，境外企業轉讓其在境外的股權所得不需要向中國政府繳納企業所得稅
要理解上述案例，首先要看一下我國《企業所得稅法》中關于居民企業和非居民企業納稅義務的判斷。我國《企業所得稅法》規定：在中華人民共和國境內，企業和其他取得收入的組織為企業所得稅的納稅人，其中企業分為居民企業和非居民企業。居民企業應當就其來源于中國境內、境外的所得繳納企業所得稅；非居民企業在中國境內設立機構、場所的，應當就其所設機構、場所取得的來源于中國境內的所得，以及發生在中國境外但與其所設機構、場所有實際聯系的所得，繳納企業所得稅；非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，應當就其來源于中國境內的所得繳納企業所得稅。
《企業所得稅法實施細則》第七條規定：權益性投資資產轉讓所得按照被投資企業所在地確定來源于中國境內、境外的所得；股息、紅利等權益性投資所得按照分配所得的企業所在地來確定來源于中國境內、境外的所得。
因此，非居民企業轉讓其在中國境內企業的股權取得收入屬于來源于中國境內的所得，應在中國境內納稅。而轉讓其在中國境外企業股權取得的收入，可以不在中國納稅。
也就是說，正常情況下境外B公司將境外C公司的股權轉讓給重慶A公司，不需要在中國繳納企業所得稅。
二、稅務機關發現的疑點
稅務機關在上述案例中，發現存在以下疑點：
1、境外B公司實際上取得的股權轉讓所得來源于中國；
2、境外C公司除了持有重慶D公司的股權外，沒有任何經營業務，可以有合理的理由懷疑其存在的目的即為了持有D公司的股份；
3、境外B公司的一系列交易行為并非出于交易的商業目的，而可能是為了規避中國稅收。
上述行為發生在2008年《企業所得稅法》實施以前，重慶的稅務機關如果對上述行為以逃避中國稅收進行查處的話，并沒有非常明確、具體的法律規定。但是，稅法中有一個非常重要的原則即“實質重于形式”，重慶稅務機關正是利用該原則對上述案件進行了處理：
重慶稅務機關經請示總局認定，境外B公司轉讓C公司股權的實質是轉讓重慶D公司31.6%的的股權。境外B公司取得的股權轉讓收益實質上為來源于中國境內的所得，根據有關規定以及《中華人民共和國政府和境外共和國政府關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的協定》第十三條第五款的規定，我國有征稅權。2008年10月，渝中區國稅局對境外B公司取得的股權轉讓收益征收了預提所得稅98萬元，稅款已全部入庫。
三、新《企業所得稅法》、《特別納稅調整實施辦法（試行）》和國稅總局698號文已經對上述行為有了明確的規定
新《企業所得稅法》中引入了一般反避稅的規定，依據新《企業所得稅法》第47條規定，任何不具有合理商業目的的安排而使納稅人的應納稅收入或者所得減少，中國稅務機關有權按照適當方法對該安排作出稅務上的調整。《企業所得稅法實施條例》第120條進一步明確了“不具有合理商業目的”的安排是指以減少、免除、或者推遲繳納稅款為主要目的的安排。
在公報了這個案例以后，國稅總局在2009年1月8日通過國稅發[2009]2號文頒布了《特別納稅調整實施辦法（試行）》（以下簡稱《實施辦法》），該辦法規定在下列情況下將可以啟動一般反避稅調查：濫用稅收優惠、濫用稅收協定、濫用公司組織形式、利用避稅港避稅、其他不具合理商業目的的安排等。
《實施辦法》采取了實質重于形式的原則，若一家沒有商業實質的企業，特別是那些建立在避稅港國家的企業，被安插在一個投資結構中，中國稅務機關可以在稅收上否定該企業的存在。從而取消企業從這一“避稅”安排獲得的中國稅收利益。
2009年12月15日發布的國稅函〔2009〕698號文（下稱“698號文”），針對非居民企業股權轉讓所得的企業所得稅管理做出了進一步的規定：根據“698號文”的規定，境外投資方間接轉讓中國居民企業股權，如境外投資方通過濫用組織形式等安排間接轉讓中國居民企業股權，且不具有合理的商業目的，規避企業所得稅納稅義務的，主管稅務機關層報稅務總局審核后可以按照經濟實質對該股權轉讓交易重新定性，否定被用作稅收安排的境外控股公司的存在。而如果境外控股公司被否定存在，境外股權轉讓將可能視作境外投資方直接轉讓中國居民企業股權，境外投資方的股權轉讓所得將可能被視為來源于中國境內的所得，進而需要向中國稅務機關繳納企業所得稅。
但與《實施辦法》不同，“698號文”特別規定了境外投資方事先主動提供相關資料的義務。根據《實施辦法》的規定，在稅務機關啟動反避稅調查程序并向企業送達《稅務檢查通知書》后，企業方有義務向稅務機關提供資料以證明其安排具有合理的商業目的。而“698號文”則要求只要境外股權轉讓符合一定條件，其境外投資方均須主動向稅務機關提供相關資料。
