（二）納稅人應當對其土地增值稅清算申報的真實性、準確性和完整性負責。為提高納稅人土地增值稅清算申報質量，主管稅務機關可建議納稅人委托稅務中介機構對其申報資料及申報結果進行鑒證。
（三）主管稅務機關在受理納稅人土地增值稅清算申報時，應當對清算申報表及附列資料進行邏輯性審核，對報送資料不完整或者存在邏輯性錯誤的，應當要求納稅人在規定的期限內補正。
（四）稅務機關應當對納稅人土地增值稅清算申報結果開展納稅評估。為切實提高評估質量，稅務機關可引入稅務、工程造價等中介機構協助。通過納稅評估發現納稅人有偷稅嫌疑的，應按規定移交稅務稽查部門處理。
（五）對符合清算條件的納稅人未按照稅法規定或者稅務機關依法確定的申報期限、申報內容如實辦理土地增值稅清算申報的，應按照《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十二條予以處理；造成少繳土地增值稅的，按照第六十四條予以處理；構成偷稅的，按照第六十三條予以處理。
二、加強土地增值稅核定征收管理
（一）對符合《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號）第三十四條規定應按核定征收方式對房地產項目進行清算的，主管稅務機關要事先進行核查，并出具報告，報省轄市地方稅務局備案后執行。
（二）實行核定征收方式進行清算的房地產項目，主管稅務機關應根據其房地產單位售價、單位土地成本、當地建設工程造價管理部門公布的單位平均造價等指標測算其增值率，確定核定征收率，報省轄市地方稅務局備案。同一期清算項目中包含的普通標準住宅、普通住宅、非普通住宅或其他類型房地產，應當分別測算增值率，并分別確定核定征收率。同一幢樓內的普通住宅、非普通住宅和商業用房，可合并測算增值率，確定核定征收率。2011年6月30日以前已發出核定征收通知書的房地產項目，執行原清算政策，不再追溯調整。
三、加強房地產開發成本審核管理
（一）各市縣及蘇州工業園區地方稅務局應參照當地建設工程造價管理部門公布的建筑安裝工程造價指數、定額標準和建筑材料市場指導價格，制定《房地產開發成本參考標準》，并根據市場變化情況適時進行調整。
（二）對納稅人申報的房地產開發成本明顯偏高的，稅務機關可要求納稅人報送該項目工程決算審計報告或工程結算審核報告；對房地產開發成本明顯偏高且無正當理由的，主管稅務機關應依據《房地產開發成本參考標準》核定扣除，情節嚴重的，按規定移交稅務稽查部門處理。
對扣除憑證及資料不完整、不規范、不真實的，比照上述辦法處理。
四、加強稅收優惠政策管理
符合《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第八條、《財政部國家稅務總局關于廉租住房經濟適用住房和住房租賃有關稅收政策的通知》（財稅〔2008〕24號）第一條第三款、《財政部國家稅務總局關于城市和國有工礦棚戶區改造項目有關稅收優惠政策的通知》（財稅〔2010〕42號）第二條、《財政部國家稅務總局關于支持公共租賃住房建設和運營有關稅收優惠政策的通知》（財稅〔2010〕88號）第四條規定免征土地增值稅情形的，主管稅務機關應進行核查，并形成核查報告，報省轄市地方稅務局備案。
本通知從2011年7月1日起執行。
