第三條規(guī)定，企業(yè)重組的稅務(wù)處理區(qū)分不同條件分別適用一般性稅務(wù)處理規(guī)定和特殊性稅務(wù)處理規(guī)定。
第四條規(guī)定，企業(yè)重組，除符合本通知規(guī)定適用特殊性稅務(wù)處理規(guī)定的外，按以下規(guī)定進(jìn)行稅務(wù)處理：
（四）企業(yè)合并，當(dāng)事各方應(yīng)按下列規(guī)定處理：
1.合并企業(yè)應(yīng)按公允價值確定接受被合并企業(yè)各項(xiàng)資產(chǎn)和負(fù)債的計稅基礎(chǔ)。
2.被合并企業(yè)及其股東都應(yīng)按清算進(jìn)行所得稅處理。
3.被合并企業(yè)的虧損不得在合并企業(yè)結(jié)轉(zhuǎn)彌補(bǔ)。
第六條規(guī)定，企業(yè)重組符合本通知第五條規(guī)定條件的，交易各方對其交易中的股權(quán)支付部分，可以按以下規(guī)定進(jìn)行特殊性稅務(wù)處理：
（四）企業(yè)合并，企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并，可以選擇按以下規(guī)定處理：
1.合并企業(yè)接受被合并企業(yè)資產(chǎn)和負(fù)債的計稅基礎(chǔ)，以被合并企業(yè)的原有計稅基礎(chǔ)確定。
2.被合并企業(yè)合并前的相關(guān)所得稅事項(xiàng)由合并企業(yè)承繼。
3.可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額=被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。
4.被合并企業(yè)股東取得合并企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)，以其原持有的被合并企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)確定。
第十一條規(guī)定，企業(yè)發(fā)生符合本通知規(guī)定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務(wù)處理的，當(dāng)事各方應(yīng)在該重組業(yè)務(wù)完成當(dāng)年企業(yè)所得稅年度申報時，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提交書面?zhèn)浒纲Y料，證明其符合各類特殊性重組規(guī)定的條件。企業(yè)未按規(guī)定書面?zhèn)浒傅模宦刹坏冒刺厥庵亟M業(yè)務(wù)進(jìn)行稅務(wù)處理。
根據(jù)上述規(guī)定，境內(nèi)法人A公司吸收合并法人公司B，屬于企業(yè)重組。若該重組適用一般性稅務(wù)處理規(guī)定的，被合并企業(yè)B公司的虧損不得在合并企業(yè)結(jié)轉(zhuǎn)彌補(bǔ)。
若該重組適用特殊性稅務(wù)處理的，被合并企業(yè)B公司的虧損可由合并企業(yè)按規(guī)定計算的金額結(jié)轉(zhuǎn)彌補(bǔ)。適用特殊性稅務(wù)處理的，應(yīng)符合財稅[2009]59號文件第五條規(guī)定及企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并。
提交資料見《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅管理辦法〉的公告》（國家稅務(wù)總局公告2010年第4號）第三章企業(yè)重組特殊性稅務(wù)處理管理規(guī)定。
