交易完成后，A公司取得M公司100%的股權，B公司取得S公司20%的股權。從整個交易來看，收購企業A公司收購M公司100%的股權，股權收購比例超過50%。同時，收購企業A公司用其控股公司S公司的股權向B公司支付對價，股權支付比例也超過85%。假設其他條件都符合，這個股權收購交易按現行政策是符合59號文股權收購特殊性稅務處理的規定的。
此時，我們的關鍵是要解決兩個問題：
1、A公司取得M公司股權的計稅基礎如何確認
2、B公司取得S公司股權的計稅基礎如何確認
根據59號文的規定：股權收購，收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，可以選擇按以下規定處理：
1.被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。
2.收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。
3.收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。
我們對照59號文的規定來看一下：
1、被收購企業的股東（B公司）取得收購企業股權（因為收購企業A公司用S公司股權作為股份支付，因此收購企業股權指的就是S公司）的計稅基礎，以被收購股權（M公司）原有計稅基礎確定。
這樣，我們可以回答第一個問題了，就是B公司取得S公司20%股權的計稅基礎是600萬。
2、收購企業（A公司）取得被收購企業股權（M公司）股權的計稅基礎，以被收購股權（？）的原有計稅基礎確定。
這個我打“？”的地方就是一個關鍵的問題。在第2條中，59號文所稱的被收購股權，是和第1條一樣指的是M公司股權呢，還是指的是S公司股權呢，這個就是第一個質疑的關鍵。
被收購股權——M公司
如果第2條中，被收購股權指的是M公司股權，那我們第二條結論就是，A公司取得M公司股權的計稅基礎是600萬。此時，就出現問題了：
如果按照一般性稅務處理，B公司將M公司股權出售，應該確認400萬所得。而A公司將其持有的S公司20%的股權出售，應該確認200萬的損失。而59號文特殊性稅務處理僅僅是遞延納稅，B公司取得S公司20%股權的計稅基礎是600萬，公允價值是1000萬。因此，后期B公司將其持有的S公司20%的股權出售后會確認400萬的所得。因此，B公司特殊性稅務處理后，400萬的所得得到了遞延確認。但是，如果被收購股權——M公司，A公司取得M公司股權的計稅基礎是600萬，公允價值1000萬，后期A公司將M公司股權賣出，要確認400萬所得。這里問題就出來了，原先A公司在一般性稅務處理下是要確認200萬損失的，但是特殊性稅務處理后，A公司反而遞延確認了400萬的所得。毫無疑問，這個稅務處理方法肯定是存在問題的。
被收購股權——S公司
如果第2條中，被收購股權指的是S公司股權，那我們第二條結論就是，A公司取得M公司股權的計稅基礎是1200萬。此時，如果A公司將M公司股權出售，也是確認200萬的損失，就不存在上面的問題。
因此，大家建議，59號文的第二條應該進行修改，從“收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定”，修改為“收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以支付股權的原有計稅基礎確認。
但是，這種修改模式是存在問題的。因為，59號文的股份支付，既包括收購企業用其控股企業的股權支付，也包括其用自身股權支付。這兩種股權支付模式下，股權收購特殊性稅務處理的計稅基礎確認規則是一樣的。但是，如果把被收購股權的原有計稅基礎修改為支付股權的原有計稅基礎，當收購企業用自身股權支付時就存在問題，企業哪有自己股權的計稅基礎呢？而且，收購企業支付的自身股權原先是沒有的，只是在股權收購中才對被收購企業股東定向增發的。因此，如果我們將被收購股權改為支付股權，在收購企業用自身股權作為支付對價下，這種規定方法也會出現令人費解的結果。
其實，第一個質疑的根源在于4號公告對“控股企業”解釋上的瑕疵。這里的“控股企業”不應解釋為收購企業持有的子公司（subsidiary）股權，而應解釋為收購企業母公司（parent）股權。一般而言，重組的特殊性稅務處理一個很重要的原則就是要符合“權益的連續性”。如果我們將“控股企業”解釋為子公司，股權收購后，B公司就永遠失去了對M公司的控制，這不符合權益的連續性。
其次，收購企業用其自身股權支付和用子公司股權支付進行股權收購，在交易性質上完全是兩種不同的交易行為。當收購企業用自身股權支付時，這本質上是是一個投資行為，即A公司接受B公司投資，或B公司對A企業投資。但是，當收購企業用子公司股權支付，這個本質是上一個非貨幣資產交換行為，即A公司用一項非貨幣資產（20%的S公司股權）和B公司持有的一項非貨幣資產（100%M公司股權）交換。我們根本就不可能用同一個規則去規定兩種不同交易行為計稅基礎的確認規則，他們是不能調和的。
所以，簡單修改59號文第六條第二款的表述無法解決問題。如果要根本解決第一個質疑，應該修改4號公告對“控股企業”的解釋，即將“控股企業”的解釋從“由本企業直接持有股份的企業”改為“直接持有本企業股份的企業”。這樣修改后，在股權（資產）收購中，如果收購方（購買方）如果用子公司股權支付，就不能享受特殊性稅務處理了。
如果財政部和總局認為考慮到中國重組的實際情況，仍然需要給予這類交易特殊性稅務處理，則應該單獨設立一個規則，對于收購方（購買方）用子公司股權支付符合條件也可以享受特殊性稅務處理，，此時，計稅基礎的確認規則應該是收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以支付股權的原有計稅基礎確認，不要和收購方（購買方）用自身股權或母公司股權支付的情況下的計稅基礎確認規則混在一起。
