根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條（四）規定，接受貨物運輸勞務的增值稅納稅人購進或者銷售貨物以及在生產經營過程中支付運輸費用的，按照運輸費用結算單據上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額可以抵扣。
假設A企業是非試點自開票納稅人，此聯運業務應繳納交通運輸業營業稅：
A企業應繳納營業稅（1110－555）×3%=16.65（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅1110×7%=77.70（萬元）。
非試點代開票納稅人聯運業務全額征收營業稅
《國家稅務總局關于貨物運輸業若干稅收問題的通知》（國稅發[2004]88號）第七條規定，代開票納稅人從事聯運業務的，其計征營業稅的營業額為代開的貨物運輸業發票注明營業稅應稅收入，不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用。也就是非試點代開票納稅人聯運業務全額征收營業稅，不論其他聯運合作方是什么類型的納稅人，不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用。
假設A企業是非試點代開票納稅人，此聯運業務應繳納交通運輸業營業稅：
A企業應繳納營業稅1110×3%=33.30（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅1110×7%= 77.70（萬元）。
試點一般納稅人接受試點一般納稅人聯運業務取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額可抵扣。《試點實施辦法》第二十二條（一）規定，從銷售方或者提供方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額準予從銷項稅額中抵扣。
假設A企業、B企業都是試點一般納稅人，都開具了增值稅專用發票，此聯運業務應繳納增值稅：
A企業增值稅銷項稅額：1110÷（1＋11%）×11%=110（萬元）。
A企業可抵扣進項稅額：555÷（1＋11%）×11%=55（萬元）。
A企業應納增值稅：110－55=55（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅也就是A企業增值稅銷項稅額110萬元。
試點一般納稅人接受試點小規模納稅人聯運業務按取得的增值稅專用發票價稅合計金額7%的扣除率計算進項稅額。
《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》第一條（四）規定，試點納稅人接受試點納稅人中的小規模納稅人提供的交通運輸業服務，按照取得的增值稅專用發票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額。這是《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條（四）政策的延續。須要注意的是，已辦理稅務登記的小規模納稅人按《稅務機關代開增值稅專用發票管理辦法（試行）》（國稅發[2004]153號）規定到稅務機關代開增值稅專用發票，接受勞務方才能按上述規定計算進項稅額，接受試點小規模納稅人交通運輸業服務開具的普通發票不能抵扣進項稅額。
假設A企業、B企業分別是試點一般納稅人和試點小規模納稅人，都開具了增值稅專用發票。
A企業可抵扣進項稅額：555×7%= 38.85（萬元）。
A企業應納增值稅：110－38.85=71.15（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅110萬元。
試點一般納稅人接受非試點營業稅納稅人聯運業務銷售額差額計算
附件2：《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》第一條（三）1第一款規定，試點納稅人提供應稅服務的銷售額，按照國家有關營業稅政策規定差額征收營業稅的，允許其以取得的全部價款和價外費用扣除支付給非試點納稅人（指試點地區不按照《試點實施辦法》繳納增值稅的納稅人和非試點地區的納稅人）價款后的余額為銷售額。
假設A企業、B企業分別是試點一般納稅人和非試點營業稅納稅人。
A企業銷售額：（1110-555）÷（1＋11%）=500（萬元）。
A企業應交增值稅：500×11%=55（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅應該是A企業開具的增值稅專用發票所注明的銷項稅額1110÷（1＋11%）×11%=110（萬元）。
試點小規模納稅人從事聯運業務增值稅銷售額差額計算
根據附件2：《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》第一條（三）1第二款規定，試點納稅人中的小規模納稅人提供交通運輸業服務和國際貨物運輸代理服務，按照國家有關營業稅政策規定差額征收營業稅的，其支付給試點納稅人的價款，也允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除；以及上述第一條（三）1第一款規定，試點小規模納稅人從事聯運業務無論聯運合作方的納稅人類型，都可以差額計算銷售額。和營業稅規定不同，根據國稅發[2003]121號及相關文件規定，非試點貨物運輸業納稅人分為自開票納稅人和代開票納稅人；而代開票納稅人從事聯運業務取得的收入不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用，而試點小規模納稅人從事聯運業務，可以差額計算銷售額并繳納增值稅。
假設A企業是小規模納稅人。
A企業銷售額：（1110-555）÷（1＋3%）=538.84（萬元）。
A企業應交增值稅：538.84×3%=16.17（萬元）。
小規模納稅人提供應稅服務，接受方索取增值稅專用發票的，可以向主管稅務機關申請代開。A企業可以為甲公司出具增值稅專用發票。另外，試點納稅人接受試點納稅人中的小規模納稅人提供的交通運輸業服務，按照取得的增值稅專用發票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額。甲公司可抵扣的進項稅應該是1110×7%=77.70（萬元）。
以上分析可知，稅改試點后，納稅人聯運業務應區分聯運合作各方不同的納稅人類型分別進行稅務處理。
