二要按照存貨購、銷、存的公式，自查是否多取得了進項稅額發票。
其存貨購、銷、存的稽核公式為：期末存貨 銷售成本=期末存貨 存貨購進金額，計算出購進存貨的測算值，再核實購進存貨取得進項發票的金額，將實際購進存貨取得進項發票數進行比較，核實企業是否多取得了進項稅額發票。接上例，該超市銷售成本為880萬元，已取得購進項目的發票金額為970萬元，而購進存貨的測算值為930萬元（880 150-100），取得發票的購進金額比購進存貨的測算值要多40萬元，貌似該超市多取得了進項發票。實際上，核實購進存貨取得進項發票時，一定要考慮購進存貨未取得發票或未取得抵扣發票的金額、固定資產購進金額以及列入費用項目的購進金額。接上例，該超市未取得抵扣發票金額為10萬元，固定資產購進量為20萬元，列入管理費用的水電費為30萬元，則實際購進存貨的取票金額為930萬元（970 10-20-30）。把這些都考慮進去后，實際購進存貨的取票金額與購進存貨的測算值是一致的，不存在多取得進項發票的現象。
三要自查是否將增值稅應稅項目列為營業稅項目。
超市一般有三種經營方式：自營、聯營和租賃。其中聯營部分的收入由兩部分組成：
一個是聯營扣點收入，應作為增值稅應稅項目繳納增值稅；
另一個是向供貨商收取的返利、促銷服務費、場地管理費、展示費、陳列費等，根據《國家稅務總局關于商業企業向貨物供應方收取的部分費用征收流轉稅問題的通知》（國稅發[2004]136號）的規定，這部分收入如果與商品銷售量、銷售額無必然聯系，且商業企業向供貨方提供一定勞務的收入，應按營業稅的適用稅目稅率征收營業稅，如果與商品銷售量、銷售額掛鉤（如以一定比例、金額、數量計算）的各種返還收入，均應按照平銷返利行為的有關規定沖減當期增值稅進項稅金，不征收營業稅。超市在自查時，要特別注意聯營扣點收入是否按合同規定的扣點收取，是否有具體的結算單。比如，合同規定是20%的扣點，那么該商品的毛利率就是20%，如果沒有達到20%，就要核實是否將部分毛利額列為營業稅項目。
另外，要核實向供貨商收取的返利、促銷服務費、場地管理費、展示費、陳列費等其經濟實質是否與商品銷售量、銷售額掛鉤。如果是直接相關的，如以一定比例、金額、數量計算收取的，不管以什么名義收取的，都要作為增值稅項目沖減當其增值稅進項稅金。如果與商品銷售量、銷售額無必然聯系，應作營業稅項目征稅，同時應當準備好相關的合同、協議及在物價局備案的收費標準、具體的結算單據等資料，以備檢查。
四要自查發售商業預付卡是否按規定開具發票，是否按規定計算繳納稅款。
對商場、超市等商業企業發售商業預付卡的業務，是按直接收款方式還是按預收賬款的方式進行稅收、會計處理，相關的法律、法規都沒有作明確的規定，各地執行的政策也不一致，但超市在處理商業預付卡業務時，要掌握兩個原則：一是不管按哪種方式進行稅收、會計處理，只要開具發票的，按照增值稅暫行條例第十九條第一款的規定，都要在開具發票的當月計算繳納稅款。二是不管在哪個環節開具發票，不能既在發售商業預付卡時開具又在消費者使用商業預付卡購物或消費時開具，不得重復開具發票。
五要自查從租賃店收取的電費收入是否作收入計算繳納增值稅或作進項稅額轉出，公共部分使用的電費是否作進項稅額轉出。
超市購進的電力用于租賃經營，屬于用于非增值稅應稅項目，按照增值稅暫行條例第十條第一款的規定，要進項稅額轉出。如果超市開具了發票給租賃店，那應當作銷售收入計算繳納增值稅。由于超市還有部分免稅銷售收入及從聯營供應商取得營業稅項目收入，對公共部分使用的電費，要按照增值稅暫行條例實施細則第二十六條規定，按下列公式計算不得抵扣的進項稅額：不得抵扣的進項稅額＝當月無法劃分的全部進項稅額×當月免稅項目銷售額、非增值稅應稅勞務營業額合計÷當月全部銷售額、營業額合計收入的比例，依此作進項稅額轉出。
六要清查是否存在混淆稅率的情況，有無將17%稅率商品按13%稅率計稅，有無將13%稅率商品按免稅貨物計稅的情況。
如果有混淆稅率的情況，要補繳增值稅，并及時將財務核算軟件的商品稅率進行調整。
