第一，根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》（國務院令第138號）第六條規定：“計算增值額的扣除項目：
（一）取得土地使用權所支付的金額；
（二）開發土地的成本、費用；
（三）新建房及配套設施的成本、費用，或者舊房及建筑物的評估價格；
（四）與轉讓房地產有關的稅金；
（五）財政部規定的其他扣除項目。”
第二，根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字〔1995〕6號）第七條規定：“條例第六條所列的計算增值額的扣除項目，具體為：
(一)取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用。
(二)開發土地和新建房及配套設施(以下簡稱房地產開發)的成本，是指納稅人房地產開發項目實際發生的成本(以下簡稱房地產開發成本)，包括土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用。
土地征用及拆遷補償費，包括土地征用費、耕地占用稅、勞動力安置費及有關地上、地下附著物拆遷補償的凈支出、安置動遷用房支出等。
前期工程費，包括規劃、設計、項目可行性研究和水文、地質、勘察、測繪、“三通一平”等支出。
建筑安裝工程費，是指以出包方式支付給承包單位的建筑安裝工程費，以自營方式發生的建筑安裝工程費。
基礎設施費，包括開發小區內道路、供水、供電、供氣、排污、排洪、通訊、照明、環衛、綠化等工程發生的支出。
公共配套設施費，包括不能有償轉讓的開發小區內公共配套設施發生的支出。
開發間接費用，是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉房攤銷等。
(三)開發土地和新建房及配套設施的費用(以下簡稱房地產開發費用)，是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用。
財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，按本條(一)、(二)項規定計算的金額之和的5%以內計算扣除。
凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按本條(一)、(二)項規定計算的金額之和的10%以內計算扣除。
上述計算扣除的具體比例，由各省、自治區、直轄市人民政府規定。
(四)舊房及建筑物的評估價格，是指在轉讓已使用的房屋及建筑物時，由政府批準設立的房地產評估機構評定的重置成本價乘以成新度折扣率后的價格。評估價格須經當地稅務機關確認。
(五)與轉讓房地產有關的稅金，是指在轉讓房地產時繳納的營業稅、城市維護建設稅、印花稅。因轉讓房地產交納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。
(六)根據條例第六條(五)項規定，對從事房地產開發的納稅人可按本條(一)、(二)項規定計算的金額之和，加計20%的扣除。”
第三，根據《關于營改增后契稅房產稅土地增值稅個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅〔2016〕43號）第三條第二款規定：“《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。”
第六條規定：“在計征上述稅種時，稅務機關核定的計稅價格或收入不含增值稅。
本通知自2016年5月1日起執行。”
第四，根據《國家稅務總局關于營改增后土地增值稅若干征管規定的公告》（國家稅務總局公告2016年第70號）規定：“三、關于與轉讓房地產有關的稅金扣除問題
（一）營改增后，計算土地增值稅增值額的扣除項目中“與轉讓房地產有關的稅金”不包括增值稅。
（二）營改增后，房地產開發企業實際繳納的城市維護建設稅（以下簡稱“城建稅”）、教育費附加，凡能夠按清算項目準確計算的，允許據實扣除。凡不能按清算項目準確計算的，則按該清算項目預繳增值稅時實際繳納的城建稅、教育費附加扣除。
其他轉讓房地產行為的城建稅、教育費附加扣除比照上述規定執行。
