用于貨物運輸的商務車可抵扣進項稅
財稅〔2011〕111號文件第二十四條規定，下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：用于適用簡易計稅方法計稅項目、非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物；自用的應征消費稅的摩托車、汽車、游艇，但作為提供交通運輸業服務的運輸工具和租賃服務標的物的除外。消費稅暫行條例中“消費稅稅目稅率表”明確，中輕型商用客車應征收消費稅。如果物流企業購進的應征消費稅的商務車是用于非生產經營，其進項稅不得抵扣；如果是用于生產經營，可以抵扣進項稅。為此，企業不僅要將生產用和非生產用的商務車分開核算、分開記賬、分別申報，還要有證據證明車輛是用于貨物運輸，如行車日志、貨物記錄單、駕駛員工作單、運輸合同等，以取得稅務機關的認可。
上例，假設物流公司購進的30輛商務車中4輛用于公司公務活動，26輛用于貨物配送服務，每輛車價格12萬元，則可以抵扣的進項稅=26×12×17%=53.04（萬元）。要注意的是，物流公司擁有的員工班車和高管使用的小汽車等非交通運輸車輛的物耗、油耗等，屬于“集體福利或者個人消費的購進貨物”，不能抵扣進項稅。
報廢車輛的進項稅額處理
對于發生車禍而導致的車輛報廢，增值稅暫行條例及其實施細則規定，非正常損失指因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失。車禍導致的車輛報廢不屬于“被盜、丟失”，不屬于“非正常損失”，不作進項稅額轉出。
上例，假設該公司報廢的5輛車購進價40萬元，進項稅額6.8萬元。報廢時，進項稅額不作轉出處理。
處置使用過的車輛要繳納增值稅
對于已抵扣進項稅額的車輛，《財政部、國家稅務總局關于交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點若干稅收政策的通知》（財稅〔2011〕133號）第一條規定，按照《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點實施辦法》和《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》認定的一般納稅人，銷售自己使用過的2012年1月1日（含）以后購進或自制的固定資產，按照適用稅率（購置車輛所抵扣的增值稅稅率）征收增值稅；銷售自己使用過的2011年12月31日（含）以前購進或者自制的固定資產，按照4%的征收率減半征收增值稅。對于沒有抵扣進項稅額的車輛，視同為2011年12月31日之前的固定資產（上海以外的試點地區以當地稅改時間為準）處理。使用過的固定資產，指納稅人根據財務會計制度已經計提折舊的固定資產。
上例，處置10輛箱式小貨車應繳納增值稅=20÷（1 4%）×4%÷2=0.3846（萬元）。假設箱式小貨車是“營改增”后購進的，則應繳納增值稅=20×17%=3.4（萬元）。
企業所得稅處理有變化
“營改增”后，企業繳納增值稅不能在企業所得稅前扣除，且支付的運費或其他勞務費用，由于可以抵扣進項稅，包含進項稅額的那部分，不能再作為成本費用在企業所得稅前扣除，在應納稅所得額上有所增加。
上例，假設企業成本費用2000萬元，不考慮其他稅費。“營改增”前，應繳納營業稅=2220×3%=66.6（萬元），應納稅所得額=2220-2000-66.6=153.4（萬元）：“營改增”后，應繳納增值稅=2220÷1.11×11%-153.4=66.6（萬元），應納稅所得額=2220-2000=220（萬元），兩者相差66.6（220-153.4）萬元。
另外，計稅基礎也有變化。假設該公司購買的金杯商務車預計使用年限為5年，則“營改增”之前，物流企業購買的固定資產不能抵扣進項稅，其外購的固定資產計稅基礎是價稅合計金額=30×12×（1 17%）=421.2（萬元），按5年折舊，月折舊額=421.2÷5÷12=7.02（萬元）。“營改增”后，假設購買的商務車全部可以抵扣進項稅，其外購的固定資產計稅基礎為不含稅金額360萬元，月折舊額=360÷5÷12=6（萬元），每年折舊增加的應納稅所得額=（7.02-6）×12=12.24（萬元）。也就是說，同樣價格的車輛，在“營改增”前后確認的計稅基礎不同，“營改增”后的計稅基礎要小于“營改增”之前的計稅基礎，折舊金額也要小于“營改增”之前的折舊金額，應納稅所得額則相應增加。
