答：《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字[1995]48號）規定，對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用條例第八條（一）項的免稅規定。
關于項目清算中不同開發品分別計算增值額問題。《重慶市地方稅務局轉發國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知的通知》（渝地稅發[2010]167號）規定，在清算項目中，房地產開發企業既建造普通住宅，又建造非普通住宅（非普通住宅包括：非普通住宅、車庫、營業用房）的，納稅人必須按照不同開發品，分別計算扣除項目金額、增值額和增值率，繳納土地增值稅。否則，其建造的普通標準住宅不得適用免稅規定。
依據上述規定，對一個清算項目中既有普通標準住宅又有非普通標準住宅不同開發品的，應分別核算增值額。普通住宅增值額為－100萬元；非普通住宅（包括：非普通住宅、車庫、營業用房）增值額－500萬元（－1000+500），因此清算項目中非普通住宅無增值額，不需繳納土地增值稅。
